使用conda 安装samtools总是报错，尝试报错文件软连接仍然报错。最后根据以下方法单独下载安装，samtools可正常使用。 来源：https://www.jians...
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2021-10-10samtools的安装和使用 -
TBtools | 零基础掌握WGCNA共表达网络分析 - 「WGCNAshiny by Warlock」写在前面 2020年，TBtools文稿发表后，我们就开始思考，主要是两个问题：1）没有经费支持，一直用爱发电，到底还写不写？写下去依然得不到一些人的认可，是否值得继续写？当...
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cutadapt 使用详解Cutadapt安装 基本命令 例子： 常用参数 参数详解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
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生信 | 三维基因组技术（二）：Hi-C辅助组装与Lachesis的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C 辅助组装（PGA...
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De novo组装#07 | 染色体挂载 （allhic，3d-dna）写在前面 初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以将其挂载到染色体上，使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromoso...
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3D-DNA&Juicer升级单倍型基因组至染色体水平
数据准备：单倍型基因组（hap1.p_ctg.fa和hap2.p_ctg.fa)和HIC数据 软件安装：3D-DNA、Juicer、BWA、Juicebox（win或mac安...
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MCScanX共线性分析共线性 共线性片段是指一个同一个物种内部或者两个物种之间，由基因组复制、染色体复制、大片段复制以及物种分化而产生的大片段同源现象。同源片段内部基因排序保守，意味着功能上也可能...
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「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collin...
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一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
