日常瞎掰 一图胜千言，说明了其作为一种展现形式在呈现数据结果时的重要性。虽说图的本质是用来展示结果，其最主要的功能是以简单的形式说明数据中蕴含的意义，但有时候好看的外表也...
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「用一个更复杂的例子，来深入学习DESeq2差异表达分析后的小分析」这篇文章，对Griffith Lab[https://genviz.org/module-04-expression/0004/02/01/DifferentialExpre...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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使用ggplot2和ggrepel包做火山图我是个R新手，只会简单的画一些图，还不能随心所欲的画图。Hadley Wickham男神的ggplot2包以及tidyverse超级大包真是让人膜拜！最近实验室留学生让我帮他...
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学习了👍
UMAP图上同时展示多个marker基因
最近有小伙伴问道一个问题，如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达，乍一看挺简单的，后来也是思考了一些时间，慢慢解决了这个问题。 首先，Seura...
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染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。 来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠...
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什么时候使用Bismark的non_directional参数Bismark是做甲基化数据分析常用软件，其中有一个--non_directional的参数，默认是不启用，如果需要时未启用该参数，会导致mapping rate下降近一半。...
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DNA甲基化Bismark、BSMAP流程跑起来日常掰虾 前面学习了DNA甲基化的基础知识，也了解了它的重要性，不知道的同学看这里，DNA甲基化知识概述[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换
一、读取文件，ID转换 1.读取文件 2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型（针对clusterProfiler） ID转换用到的是bitr()函数，bi...
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clusterProfiler包进行id转换常用id Ensemble id：由欧洲生物信息数据库提供，一般以ENSG开头，后边跟11位数字。如TP53基因：ENSG00000141510Entrez id：由美国NC...
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利用clusterProfiler进行富集分析前言:微博参与话题 #给你四年时间你也学不会生信#主要参考：GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析Y叔开发的R包clusterProfil...
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clusterProfiler基因功能富集分析 +气泡图1. 非模式生物 非模式生物需要提前从AnnotationHub抓取目标物种的OrgDb数据库，这个库里包括Uniport，ENSEMBL，ENTREZID，REFSEQ，G...
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ChIP-seq数据质控日常瞎掰 ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置，从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因，继而推测出在生物过程中的相关...
