今天一起了解下顺式作用元件分布图如何绘制!
上图展示的是每个基因上游promoter区(基因位于负链则为下游,长度一般是起始密码子前1500bp),顺式作用元件种类及分布情况,具体某个数据时可以选择自己感兴趣的基因、顺式作用元件进行展示。
今天给大家介绍一款非常简单实用的在线软件GSDS:访问地址:http://gsds.cbi.pku.edu.cn;GSDS全拼是:Gene Structure Display Server ,是一款很好用的基因结构绘图软件,今天只给大家介绍下如何用GSDS进行顺式作用元件绘图:
数据准备:
用GSDS绘制顺式作用元件分布图需提交2个数据,一是基因骨架信息;二是顺势作用元件位置及名称信息,两文件格式是bed格式或者Excel表均可,如下图:
1. 基因骨架信息BED文件:
如官方示例所示,提交的基因骨架信息BED文件由五列构成,前四列是必填项,第五列选填;第一列是基因ID,第二三列是提取的promoter区起止碱基,本示例数据取起始密码子前1500bp序列进行的顺势作用元件预测,所以表内第二列写0,第三列写1500,第5列序列类型选择CDS,本示例数据共选择了72个感兴趣基因进行作图,具体格式如下图(部分展示):
2. 顺式作用元件位置及名称信息BED文件:
顺式作用元件位置及名称信息文件格式如下:共4列组成,第一列是基因ID,是对应基因骨架BED文件中72个基因ID;第二、三列是每个顺式作用元件起止位置,第四列是相应顺式作用元件名称,不感兴趣的顺式作用元件可在生成图片后进行选择性展示:(部分展示)
3. 绘图及美化
以上两个数据准备好后,即可上传,后点击Submit开始作图,约1-2分钟即可生成下图:(部分展示)
不过,目前看来这个图还是比较丑的,不过没关系,我们可以通过下方调整区控件进行图片美化:
最终在小编小编的努力下图片稍微漂亮点:
好了,顺式作用元件分布图初步完成了,后期所做的调整修改这里就不过多介绍了,大家自行参悟吧!生成图片后GSDS网站提供SVG、PNG、PDF格式保存,同时网站还提供在线的片煸编辑工具,不过试了下不是太好用,(可能是小编电脑或网速问题),小编还是喜欢用AI软件编辑像PDF等图片,AI软件你知道是什么吗?用过吗?下一期,小编带您一起AI编辑!
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