Fst 和 Dxy 是遗传学中用于衡量不同种群之间遗传分化的两个指标，但它们的意义和计算方式不同，因此计算结果差异很大是正常的。
1. Fst（Fixation Index）
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定义：Fst 是衡量种群分化程度的一个标准，反映了种群间遗传变异相对于总遗传变异的比例。它的值通常在 0 和 1 之间：
- Fst = 0 表示两个种群完全没有分化，基因频率完全一致。
- Fst = 1 表示两个种群完全分化，完全没有共享等位基因。
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计算：Fst 通过比较种群内和种群间的遗传多样性来计算，常用的公式是：
其中：- ( H_T ) 是总的遗传多样性（所有种群的基因频率差异）。
- ( H_S ) 是种群内的平均遗传多样性。
适用场景：Fst 是一个相对值，表示两个或多个种群间的分化程度，通常用于识别种群间的遗传隔离或分化。
2. Dxy
定义：Dxy 是衡量两个种群间的遗传差异的绝对值。它表示的是两个种群中随机选取两个基因拷贝，它们在对应位点上的差异概率。
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计算：Dxy 是通过计算两个种群在每个位点的基因型差异来得出的，通常使用以下公式：
其中：- ( p_1(i) ) 和 ( p_2(i) ) 分别是两个种群在位点 ( i ) 上的等位基因频率。
- ( L ) 是位点的总数。
适用场景：Dxy 是一个绝对值，不依赖种群内的遗传多样性。它通常用于量化两个种群的绝对遗传差异，特别是在研究物种分化或基因流动时使用。
3. Fst 和 Dxy 的区别
- Fst 是相对值，表示的是种群间的分化程度，和种群内的遗传变异有关。如果种群内的多样性很低，哪怕种群间的差异也不大，Fst 值可能会很高。
- Dxy 是绝对值，它衡量的是种群之间的基因差异，不依赖种群内的多样性。如果两个种群在某些位点上有不同的等位基因，那么 Dxy 会很高，即使这些位点在各自种群内部很单一。
4. 为什么计算结果差异很大是正常的
- 不同的度量标准：Fst 衡量的是相对的分化，而 Dxy 衡量的是绝对差异。即使两个种群之间有很大的绝对差异（高 Dxy），但如果它们内部的遗传多样性也很大，Fst 可能会很低。
- 多样性影响：如果种群内部的遗传多样性很高（例如遗传混合的种群），即使种群间的差异较大，Fst 仍然可能较低。而 Dxy 只关注种群间的差异，不考虑种群内部的多样性，因此 Dxy 通常较高。
总结
- Fst 和 Dxy 反映的是种群分化的不同方面。Fst 是相对指标，更多关注种群内和种群间的相对差异；而 Dxy 是绝对指标，关注种群间的直接差异。
- 计算结果差异大是正常的，因为它们反映了不同的生物学过程和遗传模式。如果你看到 Fst 值很低但 Dxy 值很高，可能说明两个种群共享相对较多的遗传变异，但在某些位点上有显著的差异。
