1蛋白的pdbqt准备

包括加氢、计算电荷、添加原子类型
打开AutoDockTools，菜单栏File->Read Molecule,选择蛋白的pdb文件，点击打开。

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式。

1.1加氢：

菜单栏Edit->Hydrogens->Add，选择All Hydrogens或Polar Only，点击OK。

1.2计算电荷：

菜单栏Edit->Charges->Compute Gasteiger，点击确定。

1.3给蛋白添加原子类型：

菜单栏Edit->Atoms->Assign AD4 type。

1.4导出为PDBQT文件：

菜单栏File->Save->Write PDBQT，点击OK，此时可在工作目录下看到多了一个pdbqt文件。

2.小分子的pdbqt准备

Edit->Delete->Delete Molecule，删除蛋白

2.1打开小分子，查看电荷

通过ADT菜单栏Ligand->Input->Open，选择小分子结构文件（pdb或mol2），点击打开，弹出的对话框，点击‘确定’

刚才这个对话框里面有个提示，就是小分子的总电荷数不是整数，所以要调整下。

菜单栏Edit->Charges->Check Totals on Residues”，弹出对话框，点击Spread Charge Deficit over all atoms in residue，使电荷均匀分配，然后点击“Dismiss”

2.2判定配体的root

ADT菜单栏：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 选择配体可扭转的键

Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions，弹出对话框。
其中红色表示不可旋转的键，绿色表示可旋转键，紫色表示不可扭转，通常为肽键，点击“Done”。如果要设置某个键不可扭转，那么先按住shift键，然后鼠标单击即可（颜色变成紫色）。

2.4导出为PDBQT

ADT菜单栏Ligand->Output->Save as PDBQT。

3 正式对接

3.1 Grid打开蛋白

Grid->Macromocule->Open，打开保存的蛋白的pdbqt文件。弹出的对话框，点击Yes及确定确定

3.2 Grid 打开小分子

Grid->Set Map Types->Open ligand
打开保存的小分子的pdbqt文件

3.3 设置GridBox

Grid->Grid Box，出现Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。
设置完成后点击Grid Options 菜单中：File->Close saving current （保存并关闭对话框）。

3.4保存gpf文件

ADT菜单栏：Grid->Output->Save GPF，对话框中，输入文件名。注意：不要省略后缀名。

3.5 运行autogrid

Run->Run Autogrid，Parameter Filename选择刚才保存的gpf文件，点击Launch。默认输出glg文件，运行完成后，出现多个map文件。

4. 进行对接

4.1 Docking打开蛋白：

Docking->Macromocule->Set rigid Filename，选择保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打开小分子：

Docking->Ligand->Open，选择保存的小分子的pdbqt文件。对话框选择Accept

4.3 Docking设置算法：

Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept采用默认设置

注：选择Local Search Parameters是为了快速计算，也可选Genetic Alogorithm，计算更精确一些。如果这里算法改变，对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。

4.4 Docking设置对接参数：

Docking->Docking Parameters，选择Accept采用默认设置

4.5 Docking导出为dpf对接参数文件：

Docking->Output->Local Search（4.2），输入文件名。注意：加上后缀名.dpf

4.6 进行对接

Run->Run AutoDock，Parameter Filename选择刚才保存的dpf文件，点击Launch。

运行完成后，多出一个dlg文件，这就是对接的最终结果，一般有50种对接方式。