Niche specificity and functional diversity of the bacterial communities associated with Ginkgo biloba and Panax quinquefolius
www.nature.com/scientificreports
Hanan R. Shehata1,2*, Subramanyam Ragupathy1, Thomas A. Henry1 & Steven G. Newmaster1
图1。银杏叶组织中的α多样性。（A-D）基于（A）操作分类单位总数（OUT），（B）Chao-1指数，（C）Simpson指数和（D）Shannon指数的稀疏曲线指示足够的测序深度。（E-H）基于（E）OTU总数，（F）Chao-1指数，（G）Simpson指数和（H）Shannon指数的银杏叶组织中的α多样性。
图2。西洋参组织中的α多样性。（A-D）基于（A）操作分类单位总数（OUT），（B）Chao-1指数，（C）Simpson指数和（D）Shannon指数的稀疏曲线指示足够的测序深度。（E-H）基于（E）OTU总数，（F）Chao-1指数，（G）Simpson指数和（H）Shannon指数的西洋参组织中的α多样性。
图3。银杏叶组织中的β多样性（A）基于Bray-Curtis指数的主坐标分析（PCoA）（B）维恩图，显示不同组织之间独特和重叠的操作分类单位（OTU）的比例。维恩图是使用BioVenn在线工具（http://www.biove-nn.nl）创建的。GBL，GBR和GBS分别指银杏叶，根和茎。
图5。银杏叶组织中最丰富的细菌门（A）叶，（B）茎，（C）根。（D） 银杏叶组织中最丰富的门的平均相对丰度。平均相对丰度显示为具有标准平均误差（SEM）的列。
图6。Panax quinquefolius组织中的顶部细菌门（A）叶，（B）茎，（C）根。（D） 西洋参组织中最丰富的门的平均相对丰度。平均相对丰度显示为具有标准平均误差（SEM）的列。
本研究描述了与银杏和西洋参相关的细菌群落，这两种药用和商业上重要的植物物种。该研究证明了与不同植物组织类型相关的细菌群落之间α多样性和β多样性的变化。最丰富的细菌类群因植物种类和组织类型而异。银杏和西洋参显示普遍存在与组织特异性OTU的百分比存在差异。此外，该研究调查了与银杏和西洋参相关的细菌群落中的功能途径，并强调了植物相关细菌的功能多样性。
