埃齐奥对记忆的追随
东纪四二〇七年，明武宗朱厚照正德四年，西元1509年
威尼斯与法兰西之间爆发了阿尼亚德洛之战，刺客巴尔托洛梅奥•德•阿尔维阿诺为威尼斯一方作战，希望能保护位于阿尼亚德洛的伊甸裹尸布。
一场地震袭击了君士坦丁堡，使得奥斯曼苏丹巴耶济德二世暂时离开，也使圣殿骑士秘密复兴，现在他们在拜占庭的旗帜下战斗。
东纪四二〇八年，明武宗朱厚照正德五年，西元1510年
首任波多黎各总督胡安•庞塞•德•莱昂，控告一个被释放的奴隶及殖民地军队翻译阿隆索•卡洛密谋对他进行刺杀。卡洛和他的养子米格尔•拉蒙•卡洛•德•卢戈逃到佛罗里达，米格尔在佛罗里达与刺客组织取得了联系，并加入了组织。
雇佣兵首领，尼科洛•迪•皮蒂利亚诺从阿尼亚德洛得到了伊甸裹尸布，他被刺客弗朗切斯科•韦切利奥刺杀。
5月12日~30日
在中国刺客的策划下，安化王朱寘鐇发动了叛乱，但很快被平定。中国刺客希望以此除去八虎之首刘瑾。
冬
埃齐奥•奥迪托雷离开意大利前往马斯亚夫，去寻找阿泰尔•伊本-拉阿哈德的图书馆。埃齐奥在一年前找到了一封他已故的父亲写的信，从这份遗失的信中获知了这座图书馆的存在。
东纪四二〇九年，明武宗朱厚照正德六年，西元1511年
苏丹将伊沙克帕夏铠甲赐给新军首领穆拉特•本•胡森，以奖赏他牢不可破的意志。他将铠甲藏在圣索菲亚大教堂地下伊沙克帕夏的坟墓中。穆拉特随后翻修了巨链来保卫这座城市和铠甲。
埃齐奥•奥迪托雷抵达了马斯亚夫，他在马斯亚夫被一小股拜占庭圣殿骑士的军队伏击，不幸被俘，统领这些圣殿骑士的是他们的队长莱安德罗斯。在越过马斯亚夫和阿特拉斯村之间的漫长追击后，埃齐奥•奥迪托雷杀死了莱安德罗斯，并从他手中收回了尼科洛•波罗的日记《秘密圣战》。找出马斯亚夫钥匙的位置后，埃齐奥•奥迪托雷向前更进一步，往君士坦丁堡而去。
埃齐奥•奥迪托雷抵达了君士坦丁堡，他在途中与苏莱曼王子相遇，苏莱曼王子后来成为了苏丹苏莱曼大帝，埃齐奥还在君士坦丁堡遇到了土耳其刺客首领优素福•塔齐姆。优素福向埃齐奥•奥迪托雷介绍君士坦丁堡与土耳其刺客的技巧和风俗，埃齐奥开始寻找马斯亚夫钥匙。
在索菲亚•萨尔托的帮助下，埃齐奥•奥迪托雷开始破解马斯亚夫钥匙的位置，这些钥匙藏在君士坦丁堡城中各地，在这一年的时间内，埃齐奥最终在地下水宫殿、加拉达塔、公牛广场和少女塔中找到了它们。
埃齐奥•奥迪托雷、优素福•塔齐姆和其他数名奥斯曼刺客伪装成意大利吟游诗人，他们潜入苏莱曼王子的聚会，找到并杀死了出现在聚会现场的圣殿骑士间谍，阻止拜占庭圣殿骑士绑架王子。苏莱曼王子开始与埃齐奥•奥迪托雷合作对抗拜占庭人。
经过埃齐奥•奥迪托雷与苏莱曼王子发起的调查之后，两人推断新军队长塔里克•巴列蒂可能已经与圣殿骑士结盟。埃齐奥在新军军营内刺杀了塔里克•巴列蒂，但他发现塔里克与曼努埃尔•帕里奥洛格斯合作实际上只是为了破坏他们的行动。
新军在君士坦丁堡升起了横跨金角湾的巨链，并将他们的船只和军队散布到整个海港，以防埃齐奥•奥迪托雷离开君士坦丁堡。在奥斯曼刺客的帮助下，埃齐奥摧毁了巨链，用希腊火点燃了奥斯曼人的船只，进而与他的刺客同伴皮里船长乘船起航前往卡帕多细亚。
东纪四二一〇年，明武宗朱厚照正德七年，西元1512年
三月，皮里船长和埃齐奥•奥迪托雷抵达卡帕多细亚，埃齐奥进入地下城市德林库尤，曼努埃尔•帕里奥洛格斯统帅的拜占庭军队就躲藏在这里。在奥斯曼间谍迪拉拉的帮助下，埃齐奥•奥迪托雷杀死了土库曼变节者沙阿库卢，并引爆了城内储存的军火，造成了大范围的恐慌。在混乱中，埃齐奥找到并杀死了曼努埃尔•帕里奥洛格斯，随后他被艾哈迈德王子发现，艾哈迈德向埃齐奥揭露他自己就是一名圣殿骑士，并威胁埃齐奥，如果他不肯交出马斯亚夫钥匙，艾哈迈德就会去找索菲亚•萨尔托的麻烦。埃齐奥逃出了德林库尤，返回君士坦丁堡。
拜占庭圣殿骑士袭击了索菲亚•萨尔托在君士坦丁堡的书店，尽管书店此时正在优素福•塔齐姆和奥斯曼刺客的保护下。优素福在攻击中被杀，索菲亚被俘。
埃齐奥•奥迪托雷率领奥斯曼刺客攻击狄奥多西港，艾哈迈德王子和拜占庭圣殿骑士就藏在这里。但为了保证索菲亚•萨尔托的安全，埃齐奥最终被迫放过了艾哈迈德，他与艾哈迈德达成协议，用马斯亚夫钥匙交换索菲亚。
在优素福的葬礼上，埃齐奥•奥迪托雷将刺客大师多安提升为新任奥斯曼刺客首领。
埃齐奥•奥迪托雷和艾哈迈德王子，以及他们各自的刺客和圣殿骑士手下在一道通往加拉达塔的城墙上会面，埃齐奥将马斯亚夫钥匙交给艾哈迈德，然后爬上塔顶去救索菲亚。就下她后，埃齐奥发现这其实是装扮成索菲亚的阿齐塞，而索菲亚此时正被秘密吊在附近的一处广场上。利用降落伞，埃齐奥及时赶到她身边，他割断勒着索菲亚脖子的套索，救了她的命。
艾哈迈德王子与拜占庭圣殿骑士离开了君士坦丁堡，他们骑马或乘马车赶往马斯亚夫，以求进入马斯亚夫城堡地下隐藏的图书馆。埃齐奥•奥迪托雷与索菲亚•萨尔托乘车追踪圣殿骑士，进过一场漫长的追逐，绝大多数圣殿骑士和他们的马车都被消灭，最后埃齐奥跳上了艾哈迈德的马车，两人都摔落悬崖。利用埃齐奥的降落伞，两人安然落地，他们在这里遇到了艾哈迈德的兄弟塞利姆的军队，而塞利姆刚从与他父亲的战斗中返回。塞利姆表示他们的父亲已经提名他接任苏丹，接着他试图掐死他的兄弟艾哈迈德，塞利姆把艾哈迈德从附近的山崖上扔了下去，从而避免他来与自己争夺王位。塞利姆随后警告埃齐奥不要返回君士坦丁堡，他只是因为刺客与他儿子苏莱曼之间的友谊才饶恕他的性命。
埃齐奥•奥迪托雷与索菲亚•萨尔托来到马斯亚夫，埃齐奥利用马斯亚夫钥匙打开了阿泰尔•伊本-拉阿哈德的图书馆。在里面，他发现阿泰尔的残骸坐在图书馆中央的椅子上，手中拿着第六块记忆封印，而这里一本书都没有；然而，埃齐奥在图书馆的尽头发现了阿泰尔的伊甸苹果，但他最终决定将它留在这里。
埃齐奥•奥迪托雷和他的新未婚妻索菲亚•萨尔托回到君士坦丁堡稍作停留，他们在苏莱曼王子的监督下结束了在城中尚未完成的事务，而后两人便返回了意大利，他们首先抵达威尼斯，在圣方济会荣耀圣母教堂结婚，出席婚礼的宾客中包括莱昂纳多•洛雷丹总督和提香•韦切利奥，婚礼之后两人来到了罗马。
尼德兰学者及北欧刺客首领，德西迪里厄斯•伊拉斯谟对新近得到委任的神学博士马丁•路德表示担心，路德的新宗教思想可能会在欧罗巴引发混乱和不安定。
埃齐奥•奥迪托雷从刺客组织中退休，他指定卢多维科•阿廖斯托担任新的意大利刺客导师。
