埃齐奥和波吉亚的对决
东纪四十二世纪，西元16世纪
东纪四一九八年，明孝宗朱佑樘弘治十三年，西元1500年
1月2日，切萨雷·波吉亚领军围圌攻小镇蒙特里久尼，向奥迪托雷家族发动攻击，作为他对奥迪托雷家在罗马所进行的活动的报复。波吉亚摧毁了蒙特里久尼的抵圌抗力量，征服了这座小城，结果卡泰丽娜·斯福尔扎被俘、马里奥·奥迪托雷被杀，奥迪托雷家族放弃了蒙特里久尼。
尼科洛·马基亚维利成为意大利刺客领圌导人，并将刺客总圌部迁往罗马，不久后埃齐奥·奥迪托雷与他在此会合。尼科洛与埃齐奥开始加强他们在罗马城中的地位，埃齐奥帮助建立了当地的娼圌妓、盗贼和佣兵协会。
葡萄牙国王曼努埃尔一世为波吉亚效力，他派遣佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔去寻找和摧毁印度卡利卡特的刺客协会。在意大利刺客的帮助下，一群刺客将卡布拉尔在城内的仓库和商店夷为平地，并且杀死了他麾下军圌队中的数名重要头圌目，迫使卡布拉尔撤出了卡利卡特。
东纪四一九九年，明孝宗朱佑樘弘治十四年，西元1501年
6圌月3日
埃齐奥·奥迪托雷潜入罗马圣天使堡，意图杀死罗德里戈和切萨雷·波吉亚。在发现罗德里戈和切萨雷都已离开城堡之后，埃齐奥·奥迪托雷转而寻求解救他的盟友卡泰丽娜·斯福尔扎，卡泰丽娜被圌关圌押在城堡内的监圌牢中。埃齐奥在城堡里找到并俘虏了卢克雷齐娅·波吉亚，并利圌用她手中的钥匙救出了卡泰丽娜。两人骑马逃出城堡，埃齐奥断后击败了追击而来的卫兵，确保卡泰丽娜能安全离开。
9月20日
威尼斯总督及刺客组圌织盟友，阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈被由弗朗切斯科·韦切利奥、奇普里亚诺·埃努和特莎·瓦尔齐组成的刺客小队毒杀，以报复他与波吉亚家族之间的交易。
东纪四二〇〇年，明孝宗朱佑樘弘治十五年，西元1502年
应莱昂纳多·达芬奇的要求，埃齐奥·奥迪托雷摧毁了所有四件达芬奇为波吉亚军圌队提圌供的军事发明，这些发明是达芬奇被圌迫为波吉亚效力时创造出来的，埃齐奥大大削弱了波吉亚军圌队在意大利的优势。
一群由优素福·塔齐姆领圌导的奥斯曼刺客与一群威尼斯刺客在希腊会面，双方制定了计划来引导奥斯曼-威尼斯战争和平结束。
瓦斯科·达伽马炮击了印度卡利卡特城，作为对当地刺客组圌织的报复，因为他们的行动使得卡布拉尔清除城中刺客协会的努力失败。在达伽马离开卡利卡特城后，一群意大利刺客杀死了葡萄牙探险家留在城中的军官。
12月31日
维泰洛佐·维泰利和奥利韦洛托·达费尔莫因反圌抗切萨雷·波吉亚之故被米凯莱托·科雷拉所杀。
东纪四二〇一年，明孝宗朱佑樘弘治十六年，西元1503年
为了切断切萨雷·波吉亚的资金来源，埃齐奥·奥迪托雷救下了埃吉迪奥·特罗凯，埃吉迪奥是一名欠切萨雷债的罗马议员。在埃吉迪奥的帮助下，埃齐奥想了个计划，在埃吉迪奥被波吉亚卫兵护送去送钱给切萨雷的银圌行家路上，埃齐奥跟圌踪了他。身着卫兵的伪装，埃齐奥把钱送到了银圌行家举办的聚会上，这位银圌行家就是胡安·波吉亚（年老的），埃齐奥躲在长凳上，伺机刺杀了他。
巴尔托洛梅奥·德·阿尔维阿诺和他的雇圌佣兵正与奥克塔维安·德·瓦卢瓦统领的法兰西军恶战。在这两个派系的一次小规模冲圌突中，巴尔托洛梅奥的妻子潘塔西利娅·巴廖尼被法兰西人绑圌架。巴尔托洛梅奥与埃齐奥·奥迪托雷合作，他假装自己要向法兰西人投降，并且被押圌送入法兰西军军营——营地在禁卫军军营一带——而押圌送他的其实就是他自己的佣兵和埃齐奥，他们都伪装成法兰西军士兵。佣兵们从军营内部袭圌击了法兰西人，在此过程中，埃齐奥刺杀了奥克塔维安·德·瓦卢瓦，救出了潘塔西利娅。
利圌用从罗马盗贼协会获取的情报，埃齐奥·奥迪托雷和一群刺客学徒阻止了圣殿骑士杀死彼得罗·罗西的计划，罗西则是一名与卢克雷齐娅·波吉亚有秘密暧昧关系的演员。彼得罗在一场于大竞技场中上演的戏剧里扮演耶稣，埃齐奥除掉了大竞技场周围的圣殿骑士守卫，他与他的刺客学徒装一同扮成罗马士兵加入戏剧演出中。埃齐奥击败了切萨雷的私人刺客米凯莱托·科雷拉，但最终因为厌恶米凯莱托的动机而放过了他。埃齐奥又发现彼得罗中了毒，他将彼得罗送到医生那里，又从演员身上得到了进入圣天使堡的钥匙。埃齐奥随后发现盗贼帕加尼诺在暗中窥圌探他，在一番追逐后，他发现帕加尼诺是一名波吉亚间谍，他背叛了刺客和盗贼。帕加尼诺用埃齐奥的袖剑猛地刺入他自己的颈项中自圌杀而死。
克劳迪娅·奥迪托雷被吸收加入刺客组圌织，尼科洛·马基亚维利将埃齐奥·奥迪托雷提升为意大利刺客导师。
教宗亚历山大六世试图欺圌骗自己的儿子切萨雷·波吉亚食用一个有毒的苹果，借此毒死他，但因他的女儿卢克雷齐娅·波吉亚警告切萨雷这个计划而失败。切萨雷已经咬了一口毒苹果，他将一个苹果强行塞圌入他父亲的喉圌咙中，教宗因此而死。接着，切萨雷将他的怒火撒在了他妹妹身上，要求她告诉他伊甸苹果的位置，卢克雷齐娅透露苹果就藏在圣彼得大教圌堂的庭院中。埃齐奥·奥迪托雷给教宗作了最后的仪式，而卢克雷齐娅也把苹果的位置告诉了埃齐奥。埃齐奥与切萨雷都赶往教圌堂，他最后先抵达了那里，并重新获得了苹果。
11月23日，应英格兰国王亨利七世的请求，一群意大利刺客杀死了约克女公爵玛格丽特，玛格丽特是一名圣殿骑士，她正致力于在圣殿骑士的旗帜下夺取英格兰王圌位。8月
奥克塔维安·瓦卢瓦在罗马禁卫军大本营被埃齐奥在巴尔托洛梅奥·达阿尔维诺的佣兵的帮助下所杀。
米凯莱托·科雷拉企图杀死彼得罗·罗西的目的被埃齐奥终止，虽然米凯莱托被饶了一命。
11月23日
约克的玛格丽特在圣殿骑士的煽圌动下宣布自己对英格兰王圌位的所有权，因此被与英格兰国王理查德七世结盟的刺客毒杀。
12月
利圌用伊甸苹果，埃齐奥·奥迪托雷消灭了许多切萨雷残留在罗马的圣殿骑士，教宗尤利乌斯二世以谋杀、背叛和乱圌伦的罪名逮圌捕了切萨雷，并于十二月将他囚圌禁在圣天使堡内。
一群意大利刺客潜入了皮里船长在君士坦丁堡的工作室，获取了一些详细描绘新世界地形的地图，对刺客们确保他们在新大圌陆的势力与圣殿骑士旗鼓相当起了促进作用。
东纪四二〇二年，明孝宗朱佑樘弘治十七年，西元1504年
切萨雷·波吉亚从圣天使堡的监圌牢中逃走，他逃到罗马，躲在一艘属于圣殿骑士的船上，藏在木板条箱里。埃齐奥·奥迪托雷搭乘前任盗贼克劳迪奥的船一路追踪，圣殿骑士船员在奥斯蒂亚附近被埃齐奥杀死，随后切萨雷被送回罗马。教宗尤利乌斯二世与阿拉贡国王斐迪南二世和卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世达成协议，将切萨雷囚圌禁在巴伦西亚的拉·莫塔城堡。
罗马怒放玫瑰妓院夫人，克劳迪娅·奥迪托雷被波吉亚家族的顽固追随者俘虏。圣殿骑士间谍布鲁诺假装为尼科洛·马基亚维利工作，他诱骗马基亚维利和埃齐奥·奥迪托雷来到克劳迪娅被圌关圌押的地方，试图将这三名刺客全部杀死。刺客们击败了圣殿骑士，解救了克劳迪娅。由于圣殿骑士的残圌暴攻击，克劳迪娅从怒放玫瑰夫人的职位上退休，她离开圌罗马回佛罗伦萨修养，威尼斯盗贼协会成员罗莎接任夫人一职。
11月26日
卡斯提尔女王伊莎贝拉因听从波吉亚之故被她的随从下毒杀死，这随从与刺客线人路易斯·德·安杰尔相识。
东纪四二〇三年，明孝宗朱佑樘弘治十八年，西元1505年
埃齐奥·奥迪托雷率领一支由一百名刺客和盗贼组成的军圌队，攻击米凯莱托·科雷拉在扎加罗洛的两百五十名强壮的士兵，并且击败了米凯莱托的军圌队。米凯莱托被送往佛罗伦萨关圌押和拷圌问，他被圌关在领主宫顶层的监圌牢中，刺客们试图从他口圌中获得关于切萨雷活动的信息。
东纪四二〇四年，明武宗朱厚照正德元年，西元1506年
埃齐奥·奥迪托雷将他的伊甸苹果锁在天坛圣母堂地圌下的大竞技场密室中。
在研究毕达哥拉斯和一间罗马地圌下的古代神殿期间，莱昂纳多·达芬奇被他以前的盟友赫耳墨斯教圌徒绑圌架。达芬奇在他的工作室中留下了一条线索，线索指向此前曾妆点在奥迪托雷别墅中的一些绘画，他在这些画作中留下了关于神殿所在地的线索。
埃齐奥·奥迪托雷从费拉拉的卢克雷齐娅·波吉亚手中，以及罗马的赫耳墨斯教圌徒手中取回了五幅绘画。他发现了神殿的位置，并杀死了赫耳墨斯教圌徒的首领埃尔科莱·马西莫，在神殿中救出了莱昂纳多。两人进一步深入神殿，发现了毕达哥拉斯密室，但埃齐奥最终决定不再干涉此地的秘密。
米凯莱托·科雷拉从佛罗伦萨越狱逃走，并逃至那不勒斯，他从那不勒斯乘船前往西班牙巴伦西亚。他与他的主人切萨雷·波吉亚会合，两人在巴伦西亚港重建了一支军圌队，但他们的船只和军营最终被埃齐奥·奥迪托雷和尼科洛·马基亚维利摧毁，埃齐奥和马基亚维利使用了从莱昂纳多·达芬奇那里得到的炸圌弹。切萨雷责备米凯莱托引来了这次攻击，而米凯莱托在试图攻击切萨雷时被击中头部而死。切萨雷逃到纳瓦拉，他在这里遇到了他的内兄，纳瓦拉国王约翰三世。
东纪四二〇五年，明武宗朱厚照正德二年，西元1507年
纳瓦拉军圌队在切萨雷·波吉亚统领下攻击比亚纳，与莱林伯爵的军圌队交战，战斗在比亚纳围城战中达到高圌潮。战斗中，切萨雷·波吉亚受到刺客埃齐奥·奥迪托雷的追踪和攻击，他最终在比亚纳城堡城墙顶部被刺客杀死。
