Signac中的 CoveragePlot
是一种用于展示基因组覆盖度的图形工具,常用于 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)数据分析。它显示了特定基因组区域内测序读取的覆盖度,即每个位置上读取的频率。覆盖度图形对于理解基因组的开放区域、调控元件活性以及染色质状态等方面具有重要作用。
通过将多个样本的 CoveragePlot 拼接在一起(Enhance_CoveragePlot
),可以直观地比较不同样本或不同实验条件下特定基因组区域的染色质开放状态。这对于研究基因表达调控的变化、疾病相关的染色质结构变化等具有重要意义。例如,在癌症研究中,不同肿瘤样本的染色质开放状态可能揭示出特定基因调控元件的异常活性,从而提供潜在的治疗靶点。或者在免疫学研究中,不同免疫细胞类型的染色质状态对比可以帮助识别出与细胞分化和功能相关的重要调控区域。
然而,截至目前,Signac 的官方分析软件包尚未提供类似 Enhanced CoveragePlot() 的直出绘图接口,这为研究者在分析和可视化多组数据时带来了一定的挑战。为了解决这一问题,并提升数据可视化的效果,本帖基于个人的理解和测试,提出了一种经过实践并具有良好出图效果的 Enhance_CoveragePlot
绘图框架。通过该框架获得PDF图形后,只需后期再使用 Adobe Illustrator 等图形编辑软件进行一些简单调整和修饰,即可得到更加专业和精美的科研绘图。
以下是实现绘图的关键代码: