前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库，包括 1. miRBase数据库介绍及miRNA数据下载[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=...
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miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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修改stringtie、ballgown 结果中部分gene_id为ref_gene_id
问题：stringtie组装转录本后会改变原本参考基因组注释文件中的gene_id stringtie 组装、merge的stringtie_merged.gtf注释文件中的...
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转录组测序分析-上游分析一、认识转录组 RNA作为基因组和蛋白质组之间的链接部分，是分子生物学中独特的核心活动。转录组测序是分析某一组织中的全部RNA的表达量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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fastp文件合并追加
省流操作： fastq文件格式解读https://www.jianshu.com/p/39115d21ee17[https://www.jianshu.com/p/39115...
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【施工中】常用数据库下载参考基因组及注释文件参考：Jimmy老师博客：基因组各种版本对应关系目前常用的人类参考基因组是GRCh37和GRCh38，在三大常用数据库对应关系如下： NCBIUCSCENSEMBLGRCh3...
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R绘图：ggplot2绘制火山图火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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【R语言】pheatmap包绘制热图教程
本篇文章介绍基于R语言的热图(heatmap)可视化教程，该教程为个人笔记，不足之处欢迎大家批评指正！ pheatmap，全称Pretty Heatmaps，直译“完美的热图...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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使用merge整合多组单细胞数据开始操作 第一步：准备原始测序数据 我们下载第一个：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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seurat结果转为scanpy可处理对象
作者：ahworld链接：seurat结果转为scanpy可处理对象来源：微信公众号seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 怎样把seurat的对象转换...
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单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析...
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Scanpy可视化函数汇总Scanpy数据结构：AnnData[https://www.jianshu.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析单细胞数据：预处理和聚类[https://...
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单细胞两个数据集之间的比较：scmap1 Introduction 随着越来越多的scRNA-seq数据集的产生，在它们之间进行比较就显得非常关键。一个核心的应用是比较不同实验室收集的类似生物来源的数据集，以确保...
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空间组数据和单细胞数据的相关性分析（Seurat）2022-05-20相似关键词 单细胞数据集相关性分析 空间组与单细胞数据集相关性分析 空间组数据集相关性分析 适用背景 近年来，单细胞转录组测序异常火爆，而与其类似的空间转录组测序很有可能成为...
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计算两个单细胞dataset的相关性日常掰瞎 对于bulk-RNA来说，计算两个样本的相关性可以选取共有基因的表达值直接来计算相关系数，从而得到两个样本的关系性。那么单细胞如何计算呢？首先，我们需要明白一点...
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神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
