前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库，包括 1. miRBase数据库介绍及miRNA数据下载[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=...
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miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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修改stringtie、ballgown 结果中部分gene_id为ref_gene_id
问题：stringtie组装转录本后会改变原本参考基因组注释文件中的gene_id stringtie 组装、merge的stringtie_merged.gtf注释文件中的...
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转录组测序分析-上游分析一、认识转录组 RNA作为基因组和蛋白质组之间的链接部分，是分子生物学中独特的核心活动。转录组测序是分析某一组织中的全部RNA的表达量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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fastp文件合并追加
省流操作： fastq文件格式解读https://www.jianshu.com/p/39115d21ee17[https://www.jianshu.com/p/39115...
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【施工中】常用数据库下载参考基因组及注释文件参考：Jimmy老师博客：基因组各种版本对应关系目前常用的人类参考基因组是GRCh37和GRCh38，在三大常用数据库对应关系如下： NCBIUCSCENSEMBLGRCh3...
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R绘图：ggplot2绘制火山图火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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【R语言】pheatmap包绘制热图教程
本篇文章介绍基于R语言的热图(heatmap)可视化教程，该教程为个人笔记，不足之处欢迎大家批评指正！ pheatmap，全称Pretty Heatmaps，直译“完美的热图...
