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biomaRt: 用R愉快检索BioMart数据库网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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医学博士，新药研发
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STEP6:WGCNA相关性分析因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
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msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。msigdbr...
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用 vlookup 命令在excel中实现将长数据转换为宽数据近期接了一个小任务，对本单位学生的每学期的成绩进行重新估算。获得的数据是長数据，为了处理方便，需要将其转化成宽数据。 在此之前，需要根据研究目的对数据进行清理。拿到的原始数据...
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上海交通大学医学院
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生存分析的R笔记基本概念 生存分析：从字面上就是让我们分析事件发生的速率，研究各个因素与生存时间有无关系及关联程度大小。主要描述3个内容： 1.研究生存过程 研究生存时间的分布特点，估计生存...
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截断五式第二式：全能选手这次给大家介绍CatPredi包，这个包不仅能计算结局为time to event ，而且还能对于结局变量为分类变量时确定连续自变量的截断值，并且支持截断值范围及个数选择，最...
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医学博士，目前就职于国内五大肿瘤治疗中心，R语言爱好者，热衷于真实世界研究及生物信息学分析，合作请私信。
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R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR...
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量化免疫浸润时CIBERSORT的注意事项CIBERSORT的注意事项 CIBERSORT的使用，我们举了几个例子，但是还有一些疑问，只要有疑问在，就感觉心里不踏实。比如：1.CIBERSORT需要什么样的数据？是芯...
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R语言Cibersort文件获取+代码在R语言中运行Cibersort共需要三个文件，分别是（1）官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”；（2）自己的表达矩阵；（3）Cibersort代码。 （1）LM2...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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包含单细胞、空间的文献思路
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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