转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型 -
SRA数据(2)------SRA数据处理
上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代...
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MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据
本期和大家分享科研菌在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips，时间宝贵，直接上干货。 1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输...
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石蜡包埋组织DNA如何提取
BIOG操作步骤： 1. 请自行准备：无水乙醇、生理盐水、二甲苯及1.5mL离心管。 2. 取出析出液和洗涤液，按以下操作：a) 析出液：4.5mL加入25.5mL无水乙醇，...
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单细胞测序揭示成纤维细胞（fibroblast ）异质性随着单细胞数据的不断积累和转化，拿一个组织画个图谱的草莽时代已经基本一去不复返了。往深了做的一个方面就是做某个细胞类型的图谱。特别是对那些异质性较高的细胞类型。 例如，我们熟...
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【单细胞】轨迹分析-slingshot轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...
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绘图操作之ggstatsplot（高级绘图，基础知识）
最近年中总结，我们来分享一些绘图的操作，基础知识，多多学习 今天我们分享的是R包ggstatsplot，非常完美的一个绘图R包，我们来看看这个包的绘图能力。 1. R包的安装...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
