又到了一年的末尾，辞旧迎新，跟过去的自己说再见，迎接新的开始。一月，陪小李在沪过年，她写毕业论文，我总结试验结果；二月，撰写文章初稿；第二次烫头；三月，JJ来单位做报告，第一...
发简信
IP属地：湖南
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2024年总结及2025年展望
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@Yorleleiyo 😅，一切都会好起来的
2022年度总结及2023展望
2022年是比较魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以来最大皮肉之苦，整个人从电瓶车上摔了下来，身上七七八八的擦伤，打完补丁后仿佛是个木乃伊，好在没有破相和伤到骨头。认识到了电...
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@YYYYxiao 水稻的话是rap-db，详看我关于水稻基因组的数据库介绍。
【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组为例，像大家介绍如何提取序列。 基因组文件：水稻基因组，水稻...
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@jing_我愿 透明或白色reads.质量低，不太可信，可以用pcr验证一下。
【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果
写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。 一.下载 下载链...
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2022年度总结及2023展望
2022年是比较魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以来最大皮肉之苦，整个人从电瓶车上摔了下来，身上七七八八的擦伤，打完补丁后仿佛是个木乃伊，好在没有破相和伤到骨头。认识到了电...
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【科研相关】有机化合物的系统命名法
写在前面 最近由于课题需要，接触了些有机化合物的结构式，我首先想弄明白的是，它的编号是怎么来的，搜索了一下优质内容。花了半小时看完以后，仿佛回忆起自己高中和本科学过的那...
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@bc8cfc3797df 一起进步
【软件使用】PyMol入门教程
主要讲述PyMOL中常见的图形界面（鼠标）操作 1.认识PyMol 1. 软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点...
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@员外家的小公举 看看国外rodwing或者韩斌老师他们的数据库呢
【基因组学】水稻常用基因组数据库介绍
水稻常用数据库介绍 近几年随着测序数据量呈井喷式增长，涌现出一大批优秀的数据库。而水稻和拟南芥分别作为植物研究中单双子叶的模式植物，其基因组信息得到了很大程度的挖掘。...
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@jefflllyyy 有时候不稳定，换成有线或者过几天看看
[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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NGS分析手把手教学：零基础RNA-seq转录组分析实践，两套方案(2023年最新）⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。 NGS分析手把手教学系列继WGS全基因组分析[https://www.jianshu.com/p/04cacc...
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@Sherlocklock 我之前一直是用RAP号做的富集分析，没用过Entrez。最近有个项目，刚好试了试你说的entrez ID，我发现确实有很大部分缺失。我的解决方案是将RAP号转换成GO_id，用GO_id去做富集分析，你可以尝试一下。
[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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@Sherlocklock :加油smile:
[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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【科研相关】使用PPT进行科研绘图(二)写在前面 补充一些PPT相关的基础知识，主要包括图片格式、分辨率、位图分辨率设置、快捷键的说明和自定义工具栏，总共五个部分。 一、图片格式的学问 1.图片分为位图和矢量...
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【科研相关】使用PPT进行科研绘图(一)写在前面 PPT堪称是个神器，不仅能做presentation，还能做Figure，而且上手还容易，毕竟大多数人从初中甚至小学就开始接触了。我就利用封控期间，学习了一下...
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@Sherlocklock 如果单纯做ID转换的，RAP-DB的download界面有个MSU和RAP的转换表(txt格式)，你可以把它download下来，在R里面用merge函数进行转换，这种方法不用在线抓取，比较快捷。至于你说的缺失的情况，1.可以看一下缺失基因的reads，如果不同样本之间reads都很低，基本上就可以忽略这个基因；另外，2.缺失是肯定存在的，每年基因组都在发生变化，重新测序，重新注释等，对应不上很正常，尽量以最新版的基因组为准；3.一半的缺失理论上不太可能，检查一下代码看看。
[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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【R-statistics】方差分析方差分析(ANOVA) 什么是方差分析 模型可以归纳为在解决预测问题 Q：如何评价预测结果的好坏？A：预测和模型越接近越好Q：如何刻画”接近“？A：需要定义”距离“，一般使用...
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【R-statistics】基本统计量、假设检验和置信区间写在前面温习一下用R做基本统计的过程。 ======================================绪论：概率？统计？世界是随机的模型 --概率--> 数据数...
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