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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
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snpEff注释vcf前构建库的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #进入还有java高版本的conda所属环境snpEff #启动 snpEff 构建小鼠的数据库 先进入 snpeff-5.1-1...
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连雨不知春去，一晴方觉夏深
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Sanger 测序，NGS 测序，数据分析
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水稻染色体RNA的质控、比对和计数首先要感谢特别特别好说话的师姐和同门的帮助和交流，主要用到的工具是linux和NCBI 然后在整个过程中也借鉴了jimmy大神的简书贴子，链接：原创10000+生信教程大神给...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
二代数据鉴定ncRNA软件原理与应用二代数据鉴定ncRNA常用软件 目前，对于二代数据分析lncRNA的流程大致为： 目前有很多软件可以鉴定样本中的ncRNA，但是每一个软件的都会有一定的假阳性，所以最好是多个...
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featureCounts 得到的counts计算 cpm、 tpm、FPKM
一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言，RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到的上游软件就是featureCounts和Salmon了，在这两类软件的...
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非模式生物GO、KEGG富集分析GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。目的在于建立一个适用于各...
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R脚本--FeatureCounts计算reads counts 矩阵，并转化为FPKM和TPM值
代码如下： 使用方法如下：usage: run-featurecounts.R [--] [--help] [--bam BAM][--gtf GTF] [--output ...
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@巩翔宇Ibrahimovic 好的，谢谢🙏
[基因组学]使用biomaRt做水稻ID转换及相关信息的填充
水稻的基因号大致分为两类，一类是RAP号，格式为“Os-Chr-g-number”，另一类是MSU号，格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。平时做各种分析时，需要...
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STEP8:鉴定全新的lncRNA
这个时候已经不是表达矩阵的事情了，要从新从fastq测序数据开始。对测序后的fastq数据进行转录本的组装。基于组装后的转录本，通过数据库注释去掉编码蛋白质的mRNA以及数据...
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lncRNA分析
处理原始数据文件 rawdata质控 统计cleandatabase 建立索引 hisat2比对 排序 统计比对率 stringTie组装 合并转录本 定量 ballgrow...
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您好，我的cuffcompare得到的Tmp文件的FPKM值都为0，这是为什么呢？
3.0 转录本比对组装HISAT2+StringTie+cuffcompare
HISAT2 下载参考基因组：Sbicolor_454_v3.0.1.fa sbi301（Phytozome） StringTie 参考文章： https://www.bio...
