发简信
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A4: 蛋白质组搜库--安装，建库，搜库，整合，分析
搜库前准备 搜库前应重装系统，清空不必要的东西，可在服务器A4, A5重装win7 PE版本（自带U深度PE装机工具）;安装完后需要激活一下wi...
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Gfold安装:Error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot object file: No such fileopen s...
conda 下安装gfold 解决： gfold 依赖于gsl库，先确认好已安装好gsl相关软件，which gsl查找一下； 查找到已安装过g...
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SRA各种下载
conda安装aspera, 下载 在Linux下可以实现一键自动产生下载链接，输入文件为sra.txt(里面仅放SRR号，一行一个)， 给出命...
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gatk AnalyzeCovariates 报错Error in readRDS(pfile)gatk4.2.5版本中gatk AnalyzeCovariates在使用时若报错： 则代表，你的gatk没有在有R的环境下运行， 解决 环境布...
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STAR 2-pass, picard 到gatk的使用
!!!对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析，与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步，因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的，比对...
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snpEff注释vcf前构建库的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #进入还有java高版本的conda所属环境snpEff #启动 snpEff 构建小鼠的数据库 先...
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非root用户在conda下安装SnpEff(报错：Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/...
snpeff可以用于snp 和indel 文件的拆分，也可以用于注释这俩文件。 conda下载snpeff conda activate py...
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基因组版本转换：Liftover
方法一：ENSEMBL 网页版 输出文件示例（前三列是猩猩基因组上的序列，最后一列是与之相对应人的基因组序列）：.ENSEMBL 网页版，链接：...
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转录本预测编码区：在transcript中找CDS区
RNA-Seq数据组装得到的转录本具有编码蛋白质的能力。预测编码区对于确定转录产物在细胞中的分子作用至关重要!!! 通过Cufflinks或St...