Yorleleiyo

你这个序列长度都是大于500吗？

基因家族分析（4）：基因家族蛋白质模体鉴定与可视化

本文主要工作使用meme鉴定了SBT家族的蛋白质模体组成对meme鉴定结果进行处理并用ggplot2进行可视化 4.蛋白质与基因结构可视化分析 4.1 蛋白质模体预测 Pro...

逐鸿

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Yorleleiyo

@逐鸿 如果是你的目标基因就保留提取相应的序列 是吧

基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析

本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...

逐鸿

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Yorleleiyo

请问这个原始数据是基因组还是转录组数据呢

用Python提取FASTA中最长转录本

在对拼装或者数据库下载的序列文件进行下一步分析时，我们通常会对序列进行去冗余操作，其中经常需要提取同一个‘gene’的最长转录本，所以动手用python写一个脚本。 一、基本...

byemax

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Yorleleiyo

@逐鸿 cdd的结果有一个short_name 是你说的这个说明吧？

基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析

本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...

逐鸿

4942 10 17

Yorleleiyo

@学术程稻属 好呢 谢谢

生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因

在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，...

学术程稻属

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Yorleleiyo

请问筛选到的哪个文件是直系同源基因 是Orthogroup_Sequences？ 谢谢

生信步骤|Orthofinder寻找直系同源基因

在探究功能基因的时候，我们经常需要对所研究的基因/蛋白质进行聚类分组，逐个类群探究蛋白功能。创建同源群可以采用Otrhofinder软件，该软件安装方便，运行快速，调用简单，...

学术程稻属

1003 3 0

Yorleleiyo

1️⃣ 比对软件对fasta 序列进行比对🍒比对方法可以有MEGA(ClustalW，Muscle), ClustalX以及MAFFT等软件。还可以用GeneDoc软件自身进...

Yorleleiyo

请问这里用了什么软件看结构域的 没明白

基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析

本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...

逐鸿

4942 10 17

Yorleleiyo

鉴定成功后，我们点击Download下载结果文件，并将它上传(复制)到服务器上。我们这里认定SBT蛋白质家族都含有Peptidases_S8这一保守结构域，因此我们依据结果文件对每条序列中是否含有保守结构域进行筛选，发现第十条序列中并不存在相应的保守序列，因此我们结合这一结果得到最后的蛋白质序列。对其中的序列数进行统计，发现共有54条序列，与文献中鉴定数量保持一致。

作者：逐鸿
链接：https://www.jianshu.com/p/b6a3b085210f
来源：简书
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基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析

本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...

逐鸿

4942 10 17

Yorleleiyo

更加清晰辣 棒棒

Motif / Domain / Gene family

Motif Motif 是超二级结构α+β组成， Domain 与其他区域相对独立，仅有一处相连，domain可以由几个motif形成。一个基因转录的蛋白质分子中可以包含多个...

期待未来

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Yorleleiyo

@巩翔宇Ibrahimovic 哈哈 谢谢

2022年度总结及2023展望

2022年是比较魔幻的一年，2月份在海南遭遇了有史以来最大皮肉之苦，整个人从电瓶车上摔了下来，身上七七八八的擦伤，打完补丁后仿佛是个木乃伊，好在没有破相和伤到骨头。认识到了电...

巩翔宇Ibrahimovic

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