Seurat4.0系列教程告一段落，但这决不是终点。这个系列教程是给大家打开一扇窗，让大家知道Seurat4.0有这些功能可用，少走弯路。后续还要自己深入研究。学，然后知不足...
IP属地：青海
-
Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 -
为什么要做空间转录组？
做完单细胞内容后，大家对于目标细胞群体应该有了初步的认识，但是仍然会有很多问题值得商榷，例如： 1.细胞类型鉴定完之后，可能会发现对照组和处理组的细胞类型差不多，但是表型却大...
-
Seurat 新版教程：分析空间转录组数据随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微小王看看Seu...
-
这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
-
解决conda环境中R包hdf5r编译失败的问题
安装Signac包后发现无法使用read10X_h5函数，缺少hdf5r包install.packages("hdf5r") 后遇到error:global.h:23:10:...
-
R语言：更改R包安装路径1.R Studio- Tools -Global Options，General Basic中有R的基本信息，可以从这里看到（记不清了的）R的安装路径 2.在路径里找到 e...
-
R语言小需求：更改R包安装路径，给C盘释压C盘是系统盘，我们都知道能不把软件装在C盘就不装在C盘，之前用R语言跑过一些代码，一直记着这个需求，今天抽空花一点时间把这个需求满足了。 ①Step 1 任意目录下新建一个R...
-
十一步带你解构GEO分析常规流程（一）PDAC数据分析-GSE16515-GPL570 致读者语：本人接下来的九篇GEO解析文章将基于此，不断进行迭代，尝试让核心步骤、让图文与让结构更加美观,让读者与自身更能直击...
-
使用Rstudio下载GEO芯片数据学习GEO芯片数据下载时踩了各种坑。记录如下：跟从老师讲解，尝试使用GEOquery下载： 报错。下载龟速，且报错 Timeout of 60 seconds was rea...
-
2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
-
ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据ngs.plot 主要用于可视化基因组功能区域的高通量测序结果。 #1. ngs.plot 优点 已整理的注释数据：17个物种(21套基因组)，涉及功能原件有： Gene，E...
-
分析菌群基因水平转移的信息学工具-MetaCHIP文章介绍 1| 标题：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
-
cBioportal中文教程使用cBioPortal进行复杂的癌症基因组和临床profiles整合分析（Y大宽原创，转载需要说明） 主要来自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
-
-
MACS2 进行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 MACS2 是一款常用的peak calling软件，可以鉴定ChIP-...
-
Q20与Q30是什么
在分析高通量测序数据的时候，我们会对Q20/Q30不陌生。那么Q20/Q30是什么意思呢？又是怎么来的呢？ Q20，Q30它们代表的是某一碱基质量值占全部碱基数的百分比，就类...
-
单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
-
-
04.单细胞亚群注释
根据前述教程，我们已经完成了Seurat对象的构建-质控-降维-聚类。最终得到了细胞的分群如下： 那么接下来我们就要对得到的分群进行细胞类型的注释。 细胞类型的注释是根据每个...
