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Seurat之细胞周期评分1. 细胞周期背景介绍 细胞周期(cell cycle)是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为间期与分裂期两个阶段。在细胞周期过程中，细胞的遗传物质复...
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Seurat | 解决了FindAllMarkers在大数据集上的速度短板
Seurat作为知名的单细胞数据分析框架，虽然很好用，但在大数据集一直存在速度上的短板，尤其在FindAllMarkers。所以其一直也在试图解决，比如通过引入featu...
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miloR分析-基于 KNN 图的细胞差异丰度分析方法
参考1、后续分析 https://mp.weixin.qq.com/s/0A9hiXqV1RfWz8UAnratAA[https://mp.weixin.qq.com/s/0...
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scRNA---Day7(scater)跟着官网说明学习scater包 introductionscater contains tools to help with the analysis of single-c...
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基因表达分析（上）- 差异表达分析基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂，所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 定量PCR（即时聚合酶链锁反应...
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「R shiny 基础」初识Shiny传送门 Shiny基础教程: 「R shiny 基础」初识Shiny 「R shiny 基础」如何进行网页布局 「R shiny基础」增加一些小控件 「R shiny基础」交...
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使用scran分析单细胞数据官网教程：Scran1.20.1（最新）[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scran/ins...
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方法更新---细胞丰度差异分析（miloR）作者，Evil Genius 最近在看一些文章的时候，发现在计算细胞丰度差异的时候采用了miloR的方法，今天我们来关注一下。 moilR的原文如下，2022年就发表了。 与...
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CNS图表复现16—inferCNV结果解读及利用
本文是参考学习CNS图表复现16—inferCNV结果解读及利用[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0MQ==&mid=...
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Seurat整合数据集
官方流程：https://satijalab.org/seurat/articles/integration_mapping.html[https://satijalab.o...
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inferCNV安装心路历程
infercnv 包的安装依赖于rjags，rjags包依赖于JAGS库文件，因此，首先需要安装JAGS。 windows 安装 1、下载应用程序 JAGS-4.3.0.ex...
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非负矩阵分解（NMF）应用于scRNAseq的细胞分群NMF算法简介 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述为，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够找到...
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搬砖的工人<br>
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喜欢写代码的外科医生。
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单细胞数据拟时序分析-destiny单细胞数据分析常用到建立trajectory和pseudoTime，拟时序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 给每个细胞添加注释信息，如这...
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R包sva去除批次效应关于sva包 sva的用户说明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/sva/inst/do...
