火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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R绘图：ggplot2绘制火山图 -
bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多...
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利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...
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R语言基础--包的操作与内置数据集R语言包的安装 参考文章 在R中大概有几种包的安装方式。 install.packages()常规包的安装 括号里面包的名称要加英文引号，在列出的CRAN镜像站点列表中选择一...
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ggplot2的x轴坐标顺序不对肿么办起因 这是一个天朗气清的日子。我正无聊的翻看着聊天记录，突然一道题出现在我的视野里： 图是这样的： 思路 1.这图应该是ggplot2，theme_bw主题的箱线图（geom...
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conda 安装R语言及其R包
00 缘起 最新的R 3.5 版本特别难安装，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式总是出错，R3.5的更新依赖太多，需要安装很多依赖...
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RunPCA时遇到error in irlba(A = t(x = object), nv = npcs, ...) : max(nu, nv) must be strictly les...
> pbmc <- RunPCA(pbmc, features = VariableFeatures(object = pbmc))Error in irlba(A = t(...
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生信格式中的0-base与1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables（USC...
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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R语言可视化（二十九）：聚类树图绘制29. 聚类树图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用dendrogram函数绘制聚类树图 使用ggdendro包绘制聚类树图 使用ggraph包绘制聚类树图
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomics/harmony[https://github.com/immunogenomics/...
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Seurat识别细胞类群的原理（FindNeighbors和FindClusters）众所周知，seurat在降维之后主要依据两个函数来进行细胞分类，这里我们来深入了解一下seurat如何进行细胞分类的。首先我们来看有关分类的两个函数 我们来一一解决其中的问题...
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
