这是一个新的系列，关于signac分析scATAC数据，我们从上游开始。我们之前在介绍ArchR的时候，介绍过cellranger-atac分析scATAC上游数据（Arch...
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scATAC联合scRNA之signac分析(一）:cellranger-atac上游scATAC数据处理/公共数据库挖掘演示 -
Supercell: 单细胞转录组metacell分析(详细注释版）Metacell或者中文直接翻译叫元细胞大家相比都听过。简单点说就是cell合并，将相似的细胞合并。为什么说这个，主要是为了compass单细胞转录组代谢分析,想做compa...
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复现NC图表：二分图 (bipartite plot) 网络绘制（三种方法）-应用于细胞互作受配体展示-调控网络展示等等如题，这个标题有点长，首先我们需要展示的图是bipartite plot，中文有叫二分图、连线图的，总之就是展示两组之间网络关系。可以应用的地方有很多，不只是我们介绍的互作关...
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复现nature图表：双重组合-渐变背景火山图-效果？无需多言杠杠的！复现一篇Nature medicine的火山图，如下： （reference：Sex-dependent APOE4 neutrophil–microglia interac...
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【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果接上一节（【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯[http://mp.weixin.qq.com/s?__b...
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【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data，小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的，怎么进行CPDB分析呢？”，其实之前...
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Scanpy单细胞h5ad数据转化为Seurat对象参考：https://mp.weixin.qq.com/s/x4HOHNwikvuTCRK4kQRjRA?token=971255988&lang=zh_CN[https:/...
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【一键函数】单细胞marker基因平均表达量热图函数这是一个集成的函数，很多小伙伴被一些美图”迷了眼“，需要这样、那样的形式。单独做又很麻烦，且容易出错。要求既要这样展示，又要那样展示。所以我们直接做了一个集成的函数，完成一些...
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复现Cell、Nature富集分析结果可视化-Fold enrichment计算-ggplot2气泡图发光伪3D效果这种nature\Cell都在用的富集结果展示形式： （reference：【1】Chen et al., 2020, Cell 182, 226–244 July 9, 2...
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复现SCI图表：适用于cellchat v2和cpdb v5的细胞互作受配体分组气泡图图是关于互作分析受配体的展示。横轴是source cell，纵轴是受配体对，展示了每个source与其他细胞的互作，也展示了每个组之间结果。其实看图就可以想到，用分面图就ok...
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单细胞marker基因表达密度图-(还有一个包装函数）有小伙伴说想要做单细胞marker基因表达密度图，我一想，好像之前是做过的（单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图[http://mp.weixin.qq....
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（视频教程）Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化不想做太多的前情解说了，有点累了，做了很久的内容，包括整个分析，从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化！单细胞代谢分析我们写过很多了，唯独少了...
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【我想要风一样的自由】高级网络图绘制函数两年半以前，我们写过多个网络图绘制。这种网络图在通路-基因关系、TF-target或者其他有对应关系的网络绘制中可应用。与网上大多数网络图一样，都是基于ggraph绘制的，g...
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基于cellphonedb互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）我们之前介绍过一个函数（基于cellchat互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTY...
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(视频教程): Monocle3分析流程-分析简化函数和可视化函数刚刚更新完monocle2的视频教程（(视频教程): Monocle2安装包测试、分析流程及可视化修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
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(视频教程): Monocle2安装包测试、分析流程及可视化修饰前面我们刚更新完CytoTRACE2，那么也是想着用将其与monocle2分析结合起来，一方面看看效果，一方面辅助起点确定。同时近期不止有一个小伙伴在跑monocle2分析，...
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CytoTRACE2：单细胞转录组细胞分化潜能推断-拟时起点参考（R语言版及Python版）参考我们之前发布过CytoTRACE推断细胞发育潜能（CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助（结尾有彩蛋）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=...
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单细胞seurat V5转V4格式及seurat转为h5ad格式最近在做一个分析的时候，需要使用到python，而我的单细胞数据是seurat对象，所以需要转化一下，变成h5ad。关于seurat转h5ad的方法，我们在PAGA那一部分进...
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复现Cell图表（片尾彩蛋）：3D饼图展示细胞比例先来个简单的，之前有小伙伴咨询一篇Cell文章中的饼图，展示的是celltype比例，其实之前我们写过很多展示细胞比例的图，这里复现这个3D版的正好弥补我们没有介绍过3D饼图...
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复现Nature图表：单细胞UMAP图指示celltype和marker基因看到了一篇Nature的UMAP图，展示的是单细胞，但是特点是标记了celltype的同时指示了marker基因。显然这个处理很有特色，我们可以用代码指示，但是很难一次性达到...