关于细胞互作可视化，我们的内容已经很多了，小伙伴依然有其他中意的内容，这里复现一篇cancer cell图表，使用Edge bunding plot展示互作结果，ligand...
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复现cancer cell图表：【函数】Edge bunding可视化cellchat及cellphonedb细胞互作结果 -
Circular Plot系列(五): circle plot展示单细胞互作这是我们circle系列的最后一节，我想常见的弦图是绕不开的，所以最后从前面介绍的circle plot思路，做一遍弦图。其实前面的内容如果消化了，plot互作弦图也就不成什...
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Circular Plot系列(三)：【视频教程】复现NCS图表之高大上的单细胞UMAP环形图高端复杂的UMAP复现： 这又是一个高大上且炫酷的单细胞UMAP图，展示的信息很多，有大类细胞和亚群，以及marker基因和cell count信息，还可以增加其他的分组信息...
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Circular Plot系列(一): 环形热图绘制针对近期多个粉丝咨询环形图的绘制，我意识到，我们似乎没有真正介绍过circle图，但这一类图确是非常常用的图，所以这里详细学习一下circle的绘制，使用的是circlize...
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学习NC文章:单细胞亚群相关性及三角热图绘制热图我们做过很多，参照公众号热图系列，这里介绍三角热图的绘制，演示corrplot的参数设置。为了让演示有意义，这里的热图数据使用单细胞亚群相关分析数据演示，之前我们简单介绍...
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复现Nature图表：学习nature代码之聚类树+基因表达气泡图这里我们要复现和学习的是一篇nature文章的图表，这篇文章提供了figure的代码以及数据，我们要复现的是Figure1b。图很简单，就是两部分组成，左边是聚类树，cell...
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单细胞Seurat分析基本可视化实现python版Scanpy风格这个问题我们之前提到过，很多小伙伴可能看到某些文章中这样的可视化，很感兴趣，其实熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出图，虽然R也能实现这样的效果，但是自...
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视频教程）NMF: 单细胞非负矩阵分解R语言版-数据降维及MetaProgram分析NMF：非负矩阵分解，大家应该不会陌生，大家或多或少的听说过，我们之前介绍一个R包geneNMF（GeneNMF: 基于NMF（非负矩阵分解）的基因程序识别及可视化）替代NM...
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单细胞基因热图多重注释函数-可标记基因及添加富集分析结果在写NMF帖子的时候，需要plot基因热图，参考：（高分SCI单细胞图表：多层注释热图函数[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
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Hotspot分析(1)：单细胞转录组识别信息基因（和基因模块）这一期我们介绍一个常见的，高分文章引用很高的一个单细胞转录组分析工具Hotspot，它可针对单细胞转录组数据识别有意义基因或者基因module，类似于聚类模块。所谓的”inf...
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GeneNMF: 基于NMF（非负矩阵分解）的基因程序识别及高级可视化Non-negative matrix factorization（NMF）非负矩阵分解是一种popular的矩阵分解方法，它允许从一组非负数据向量中提取稀疏和有意义的特征。...
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mascarade包推荐学习-单细胞降维图修饰之框选celltype单细胞降维图celltype框选一直是可视化中很多人喜爱的，之前我们也介绍过一些。都或多或少有些不理想，不如AI来的直接，不过最近看到一个优秀的包---mascarade，圈...
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scATAC联合scRNA之signac分析(一）:cellranger-atac上游scATAC数据处理/公共数据库挖掘演示这是一个新的系列，关于signac分析scATAC数据，我们从上游开始。我们之前在介绍ArchR的时候，介绍过cellranger-atac分析scATAC上游数据（Arch...
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Supercell: 单细胞转录组metacell分析(详细注释版）Metacell或者中文直接翻译叫元细胞大家相比都听过。简单点说就是cell合并，将相似的细胞合并。为什么说这个，主要是为了compass单细胞转录组代谢分析,想做compa...
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复现NC图表：二分图 (bipartite plot) 网络绘制（三种方法）-应用于细胞互作受配体展示-调控网络展示等等如题，这个标题有点长，首先我们需要展示的图是bipartite plot，中文有叫二分图、连线图的，总之就是展示两组之间网络关系。可以应用的地方有很多，不只是我们介绍的互作关...
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复现nature图表：双重组合-渐变背景火山图-效果？无需多言杠杠的！复现一篇Nature medicine的火山图，如下： （reference：Sex-dependent APOE4 neutrophil–microglia interac...
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【改装函数】弦图-可视化cellphonedb细胞互作结果接上一节（【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯[http://mp.weixin.qq.com/s?__b...
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【视频教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy单细胞分析后续之cpdb细胞通讯之前我们演示cpdb分析的时候侧重的是R分析seurat对象准备input data，小伙伴提到“我单细胞一开始就是用scanpy分析的，怎么进行CPDB分析呢？”，其实之前...
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Scanpy单细胞h5ad数据转化为Seurat对象参考：https://mp.weixin.qq.com/s/x4HOHNwikvuTCRK4kQRjRA?token=971255988&lang=zh_CN[https:/...
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【一键函数】单细胞marker基因平均表达量热图函数这是一个集成的函数，很多小伙伴被一些美图”迷了眼“，需要这样、那样的形式。单独做又很麻烦，且容易出错。要求既要这样展示，又要那样展示。所以我们直接做了一个集成的函数，完成一些...