一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别 -
常见的OrgDB包，方便对应物种注释
列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 | 物种 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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maSigPro 处理时间序列转录组数据时间序列研究的是基因表达的动态行为，测量的是一系列和时间点之间有强烈相关性的过程。和针对某一时间点的基因表达进行差异分析不同，时间序列更加关注是发现基因表达的趋势，以有助于理...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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2022.06.25 | 转录组分析(一)--hisat2+featurecounts（也就是在服务器中的操作）
1 ###文件下载 2 ## 循环把下载的所有sra文件都变为fastq(双端测序数据) 3 ### fastp质量控制 4 ###参考基因组下载及建索引（如已有，忽略此步）...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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ggplot2画富集分析图，带缩短文本长度今天骨科一位学生问我他在做富集分析的时候，得到的文字太长了，如何让文字分开的问题，其实富集分析经常会得到一些结果的标题很长很长，不管是barplot还是dotplot都会出现...
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R语言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定义：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法， 用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分...
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R语言配色方案——RColorBrewer包
R语言配色方案——RColorBrewer包 安装并加载 四大函数功能 1、首先运行下第一个函数 该函数运行的结果是查看所有可选调色板的列表。这里调色板很多我用head()只...
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TCGA Cox模型-训练集、内部验证集、外部验证集综合构建Cox风险模型①
2021.11.12 初版2021.11.16 更新单因素COX输出结果，多了半边括号...本系列主要用于通过使用训练集（train）、内部验证集（test1组）、外部验证集...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反应2018年的Nature 上公开了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治疗队列数据，而这份数据就储存在IMvigor210CoreBiologies包中。下面就来学习下吧 1.I...
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用cytoscape画网络图经常看到文章中有那种好漂亮的网络图，偶也想自己画一个呢，但是不会咋整呢？ 别急，今天本椒就分享一下用cytoscape画互作网络图！ 看一遍就会啦。。。还不会！那就多看几遍哈...
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听说你想要TCGA的miRNA表达数据
以前都是直接拿前体数据去处理，今天偶然在群里看到，想用isform做一下试试。我非常喜欢gdc-client这个官方下载工具,它的数据以样本的方式组织，优点是可以随便组和，缺...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用 snakemake 写了一个简单的从 raw data 到 FPKM 的流程。...
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ccle数据下载和整理0.数据下载 网址：https://sites.broadinstitute.org/ccle[https://sites.broadinstitute.org/ccle] ...
