一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别 -
常见的OrgDB包，方便对应物种注释
列举了19个OrgDB，物种对应的全基因组注释R包，方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等 | 物种 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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R使用笔记：相关系数:cor.test();corr.test();rcorr()本次笔记内容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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maSigPro 处理时间序列转录组数据时间序列研究的是基因表达的动态行为，测量的是一系列和时间点之间有强烈相关性的过程。和针对某一时间点的基因表达进行差异分析不同，时间序列更加关注是发现基因表达的趋势，以有助于理...
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芯片数据和RNA-seq的差异分析流程由于太久没有分析过bulk数据了，前几天突然被要求分析一个文章的数据时有点乱了手脚，所以在这里想总结一下关于芯片数据与seq数据的差异分析流程。 假如你是小白，也刚刚了解NG...
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2022.06.25 | 转录组分析(一)--hisat2+featurecounts（也就是在服务器中的操作）
1 ###文件下载 2 ## 循环把下载的所有sra文件都变为fastq(双端测序数据) 3 ### fastp质量控制 4 ###参考基因组下载及建索引（如已有，忽略此步）...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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ggplot2画富集分析图，带缩短文本长度今天骨科一位学生问我他在做富集分析的时候，得到的文字太长了，如何让文字分开的问题，其实富集分析经常会得到一些结果的标题很长很长，不管是barplot还是dotplot都会出现...
