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在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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bedtools shuffle -incl 参数
bedtools shuffle 参数中 -excl 和-incl参数 bedtools的具体使用可以在官网查询。但-excl和-incl参数可能没有讲明白 -incl参数的...
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请问文中row_split = cl, column_split = cl,中的cl是怎么设置的呀
【R画图学习24.5】ComplexHeatmap缩放和链接注释
我们今天学习如何利用complexheatmap添加缩放和链接注释，以及如何加入词云图等。 前面我们测试过，热图中有很多行或列，但是我们只想标记其中的一些情况，用的是anno...
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转录组分析-上下调基因条形图
setwd("Desktop/transcriptom") library(ggplot2)kob <- read.csv("count - up and down regu...
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请问博主--nshifts:每个windows的控制区域数这个如何理解
HiC 数据堆积热图工具--coolpup.py
最近看到的一个新的绘制HiC数据热图的工具，记录一下. 安装1.1 创建新环境 1.2 pip安装 输入 coolpup.py -v 查看软件版本. 使用2.1 利用bed文...
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大佬在两年前就一度怀疑HiC-Pro有bug了，哈哈哈
HiC-Pro-3.1.0:处理HiC/HiChIP等数据有效工具
写在前面，最近两周下载HiC-Pro令我头大(Fidgety)，一度怀疑这个版本有bug，好在今天打通关了，记录一下。 下载 next, 在此过程中可能需要比较多的依赖关系，...
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请问上面的那个流程图用什么软件绘制的呀？
HiNT&hic_breakfinder检测HiC数据中染色体易位
参考： 1.HiNT : 只能针对剪切酶：DpnII,MboI,HindIII ；发表于Genome Biology HiNT: a computational method...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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【小工具】智能合并测序数据fastq的脚本
介绍： 这是一个可以自动合并数据的简易脚本 应用场景： 有一批数据有三十几个样本,测序公司返回数据时由于数据量不达标，需要加测一次，部分样本数据量还是不够, 又加测一次才够，...
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python ~/hic-pro/HiC-Pro_2.11.4/bin/utils/sparseToDense.py这一步输出的矩阵有问题啊，稠密矩阵第一行第一列值都为0，有谁知道怎么解决吗
2022-07-25 TAD-InsulationScore
Cworld matrix2insulation.pl hicpro matrix 转换 image.pngimage.png addHeader matrix2insula...
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