简介 在超算和集群中通常要使用作业管理系统，关于其介绍见维基百科[https://en.wikipedia.org/wiki/Job_scheduler#Batch_queu...
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在stringtie结果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官网[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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bedtools shuffle -incl 参数
bedtools shuffle 参数中 -excl 和-incl参数 bedtools的具体使用可以在官网查询。但-excl和-incl参数可能没有讲明白 -incl参数的...
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转录组分析-上下调基因条形图
setwd("Desktop/transcriptom") library(ggplot2)kob <- read.csv("count - up and down regu...
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【小工具】智能合并测序数据fastq的脚本
介绍： 这是一个可以自动合并数据的简易脚本 应用场景： 有一批数据有三十几个样本,测序公司返回数据时由于数据量不达标，需要加测一次，部分样本数据量还是不够, 又加测一次才够，...
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Fit-hic 2 通过hic数据检测显著性互作安装官网中提到三种安装方法，可通过conda, pip，git clone 安装该软件.我们这里利用conda,非常简单快速.1.1 conda创建环境 1.2 conda ...
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Hi-C数据分辨率的计算
我们经常困惑于多少的Hi-C数据才可以满足分析的要求，一般认为分析A/B compartment 至少需要达到100kb的分辨率，TADs至少需要达到40kb分辨率，loo...
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HiC 数据堆积热图工具--coolpup.py最近看到的一个新的绘制HiC数据热图的工具，记录一下. 安装1.1 创建新环境 1.2 pip安装 输入 coolpup.py -v 查看软件版本. 使用2.1 利用bed文...
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homer 处理HiC-pro的结果写在前面，得到HiC-pro的结果后，我们想看看显著的互作区域以及两个样本互作区域的不同. 关注正常染色体 比较不同实验组数据大小，如果相差比较大，利用shuf随机提取等量数...
