今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。...
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RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程
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植物启动子-顺式作用元件-批量提取-预测-可视化分析写在前面 以前总看到问题是，基因结构可视化的问题；现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单，也比较玄乎，所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网，手上的...
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利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树新的系列系列教程[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]已上传，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介绍 OrthoFin...
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使用clusterProfiler包对非模式生物进行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包，对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：D...
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富集分析天花板之ClusterProfiler4说在前面 在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔，想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下，他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。Y叔在国际...
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基因组质量评估 | LAI转载自 LAI: 评估基因组质量一个标准 基因组组装完成之后，就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中，每个contig都能足够的长，能够有一个完整的基...
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Liu2024 GBTS grape
Liu, J.; Wang, H.; Fan, X.; Zhang, Y.; Sun, L.; Liu, C.; Fang, Z.; Zhou, J.; Peng, H.; ...
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根据长度对向量或列表进行拆分
有时候数据量太大，就有必要把数据进行分割以缩短运行时间。rep函数会构建一个重复索引，然后根据索引从原始向量中提取对应的元素并给到子向量。rep函数同时也考虑到不能整除（le...
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应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
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跟着Nature Communications学数据分析：基因组水平的比对鉴定结构变异论文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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annovar的avinput转为vcf
最近遇到问题，要将annovar的结果转为vcf，然后用这个vcf对比另一个vcf，找二者共有的变异。其实就是一个bedtools intersect的事，但是annovar...
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3. SNP Calling以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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NGS 数据质控软件—fastp陈实富博士编写的 fastp 软件能实现 FASTQ 数据自动化过滤、剪裁、错误校正等功能，因其多样的功能和高效的速度受到了许多用户的欢迎，已成为 NGS 质控领域不可或缺的...
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人类泛基因组草图发布近日，人类泛基因组参考联盟（HPRC）在《Nature》杂志上发表了《人类泛基因组草图》。相较于我们常用的GRCh37、GRh38 等线性参考基因组，泛基因组在微小变异检测和...
