转载自 LAI: 评估基因组质量一个标准 基因组组装完成之后,就需要对最后的质量进行评估。我们希望得到的contig文件中,每个contig都能足够的长,能够有一个完整的基...
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如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
论文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质,结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时,结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
最近遇到问题,要将annovar的结果转为vcf,然后用这个vcf对比另一个vcf,找二者共有的变异。其实就是一个bedtools intersect的事,但是annovar...
以GATK流程为例,简单来说,SNP Calling主要包括以下几步: 1. 给参考基因组建立索引:samtools faidx、bwa index, gatk Create...
陈实富博士编写的 fastp 软件能实现 FASTQ 数据自动化过滤、剪裁、错误校正等功能,因其多样的功能和高效的速度受到了许多用户的欢迎,已成为 NGS 质控领域不可或缺的...