Morphine_9611

CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...

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本文参考ggpubr包官方文档https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/index.html[https://rpkgs.datanovia.co...

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CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...

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事情是这样的：前面我们发布了这样一款函数（(原创函数)-Cellchat受配体多组比较气泡图函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OT...

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0. 背景知识 细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个，我们习惯使用的R包是CellChat。 这个是CellChat的一手教程： https://htmlprevie...

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图是关于互作分析受配体的展示。横轴是source cell，纵轴是受配体对，展示了每个source与其他细胞的互作，也展示了每个组之间结果。其实看图就可以想到，用分面图就ok...

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我们之前介绍过一个函数（基于cellchat互作分析：弦图展示细胞互作受配体对结果（一键函数）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTY...

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跟着 Nature Communication 学作图 | 百分比堆积柱状图+卡方检验 今天我们复现一幅2021年6月发表在nature communications上的热图...

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前几天画条形图，自己统计出来的数据把自己看蒙了半天，乍一看有点不会转换了。 记录下数据转换的过程 初始数据与画图要求 自己统计完数据放到excel中就是上图中的情况。然后需要...

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拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...

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装包是件苦差事（至少在你没有明确的思路以前）。 装包时，通常可以搜索一下包名，就能得到常规的安装命令以完成安装（这些命令通常位于github,bioconductor,cra...

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很久以前，我们在写单细胞分析的时候，就写过GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能够分析基因集/通路的活性程度，具体的原...

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前言 说到单细胞数据分析，不得不提的一个工具就是基于R语言构建的一站式分析软件--Seurat。即使目前每年都有很多新的单细胞工具被开发出来，Seurat仍然是目前市场占有率...

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1、数据在不同环境中的兼容情况 目前V5版本的环境可以兼容V3版本的数据，但是V3环境中导入V5环境会报错（缺依赖包）。目前有两种方式新建R对象数据CreateSeuratO...

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细胞免疫浸润网站使用 1.cibersort 数据输入格式：输入数据的要求： 1.不可以有负值和缺失值 2.不要取log 3.如果是芯片数据，昂飞芯片使用RMA标准化，Ill...