这个数据是不够的
GSEA富集分析的点状图画法（R）GSEA运行完以后默认出图较丑，而且只是png格式，不能改字体和大小，分辨率还是可怜的96dpi，就像下面这个图，远看可以，近看不行，远达不到SCI要求。 但其实知道原理的话...
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使用R语言局部放大图片更多教程请浏览我的博客地址R语言画图之图片局部放大[https://swcyo.rbind.io/course/2024-01-21-r-zoom/r-zoom/] 在处理图...
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【R画图学习6.2】Venn图---VennDetail上一篇我们讲了传统venn图的画法，今天测试另外一个包VennDetail，有点还是它综合了upset，从而能处理大于5维的数据。 首先没有安装的话，安装这个包。 libra...
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是的，我这是演示数据，genelist要用自己的
另外GSEA是随机运行次数，每次跑的时候都会有部分不同的，另外就是GSEA()运行的是gson本地数据，gseaKEGG()是实时数据，是有细微不同的一句代码同时运行多组富集分析
传统的富集分析的步骤是： 计算出差异表达基因列表 运行GO 运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化...
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R可视化重复测量的方差分析，自动两两比较参考Mixed ANOVA in R: The Ultimate Guide - Datanovia[https://www.datanovia.com/en/lessons...
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cel格式的芯片原始数据处理
收到一个学生求助，得到空的表达矩阵，限于目前初学的状态，处理原始数据比较困难，但又急用，这不，我来帮忙咯。 1.初步探索 表达矩阵确实是空的，不过附件里提供了cel格式的原始...
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是不是很牛
pak包：一条指令解决包的安装问题，支持CRAN，Bioconductor和Github，还支持自动更新
R语言有很多强大的包，而且各种包之间还相互依赖，尤其是CRAN和Bioconductor还经常相互依赖，但是安装指令却不一样，再比如Github上的包，有时候更新的话还要重新...
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Stay Hungry. Stay Foolish<br>学点R语言，搞点数据挖掘<br>专注肿瘤研究和学习<br>ORCID:<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Forcid.org%2F0000-0002-0660-7802" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-0660-7802</a><br>CSDN：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fblog.csdn.net%2Flijianpeng0302%3Ftype%3Dblog" target="_blank">https://blog.csdn.net/lijianpeng0302?type=blog</a> 生信小鹏
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使用R下载HPA数据库的免疫组化数据
HPA数据库有丰富的切片数据和免疫组化的切片，可以从网站一个个下载保存，然后把对应的信息保存，再重命名，再次比对信息。 但是，这样的操作，可谓耗时耗力，还有可能在对比的时候出...
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一句代码同时运行多组富集分析传统的富集分析的步骤是： 计算出差异表达基因列表 运行GO 运行KEGG当然，也可以运行其他富集分析，比如DO，Wikipathways或者Reactome等等，然后再可视化...
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pak包：一条指令解决包的安装问题，支持CRAN，Bioconductor和Github，还支持自动更新R语言有很多强大的包，而且各种包之间还相互依赖，尤其是CRAN和Bioconductor还经常相互依赖，但是安装指令却不一样，再比如Github上的包，有时候更新的话还要重新...
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Rstudio下载不了怎么办？随着Rstudio改名为posit后，现在下载安装包也成问题了，以前的下载网页已经不能用了，而这个posit.co域名我又打不开，好尴尬。。。。。 只发现了一个2018年的镜...
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R进行两因素重复测量方差分析并可视化（双组折线图）在仙桃学术上的生信工具里面，有一个折线图的绘图工具，可以很快速便捷的得出结论并可视化结果，当然不是说这个功能有多强大，而是统计学方法非常专业。比如用它自带的数据https:/...
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risktable解决不了
R语言用patchwork对ggsurvplot进行排序
patchwork包是一个非常方便能够对多个ggplot对象进行排序、合并输出的包。但是在批量做生存曲线的时候，发现这个包不能对ggsurvplot对象进行排序，并且会出现如...
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使用R语言rstatix包进行ANOVA并自动两两比较可视化关于单因素方差分析，网上有很多方法，比如使用R语言进行单因素方差分析以及结果可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...
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利用TCGAbiolinks下载病理学报告（PDF）和切片图像（SVS）我们平时使用TCGA的使用，基本都是下载临床特征数据，生存数据，基因表达量，高级一点的还可以去下载体细胞突变，拷贝变异数和DNA甲基化等。如果知道一些算法，还可以去获取MSI...
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使用multipleROC快速绘制ROC曲线之前我写过一篇使用pROC包画好看的ROC曲线[https://swcyo.rbind.io/course/proc/]的教程，那篇教程中使用的是pROC，这个包可以快速拟合...
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这个需要自己下载，去GSEA官网
R做GSEA富集分析
首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
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GSEA软件的二次作图我们知道，用GSEA的java软件分析的结果之后，默认的图是png，而且只有72 dpi，比如下面这样的 其实颜值也还好，但是很模糊，这是很不方便用于发文章的，那么有没有一些...
