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基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...

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GTF文件是用于保存基因结构信息的文件格式。它是基于通用特征格式（GFF）的制表符分隔文本格式，但包含一些特定的附加基因信息。1.打开GENECODE网站 ，下载GTF文件 ...

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基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。 DE...

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加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...

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1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...

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本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...

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1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...

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参考教程：http://www.sthda.com/english/wiki/survival-analysis-basics[http://www.sthda.com/en...

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2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...

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练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...

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10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...

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影响因子：5.8 研究概述： 骨关节炎(Osteoarthritis, OA)是一种退行性炎症性关节疾病，是致残的主要原因，以长时间活动后的关节疼痛和僵硬为特征；Anoiki...

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ORA富集分析只需要提供差异基因列表，GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果。Gene set variation analysis (...

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ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分，也可得到肿瘤样本的肿瘤纯度 其原理本质上是先收集好免疫基因集和基质基...

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------------------------------------TPM 定义---------------------------------------------...

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配套的注释文件

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  作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...

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AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。 1、认识结构 基本结构如下： 参考链接：https://cellgeni.readthedocs...