关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
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肠道细胞类型及其marker
肠道细胞类型及其marker: seven known cell types were identified (Fig. 1, A and B):enterocyte cel...
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ktplots（一）：绘制个性化气泡图前言 Immugent最近淘到了一款非常好用的画图R包：ktplots，于是就迫不及待地的想把它分享给大家。总体来说，这个包非常的轻便，而且可以对我们常用的图进行美化和针对性...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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基因表达趋势分析-2：Mfuzz基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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如何获得基因名与基因类型的对应关系——下载GTF文件GTF文件是用于保存基因结构信息的文件格式。它是基于通用特征格式（GFF）的制表符分隔文本格式，但包含一些特定的附加基因信息。1.打开GENECODE网站 ，下载GTF文件 ...
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edgeR差异基因分析的一般过程基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。 DE...
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Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...
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Kaplan-Meier生存分析的结果解读和绘制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
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R—生存分析—Kaplan-Meier + Log-rank test + Cox回归参考教程：http://www.sthda.com/english/wiki/survival-analysis-basics[http://www.sthda.com/en...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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最新5.8分非肿瘤纯生信，热点基因集+机器学习+二次分型+单细胞，又是一篇弯弯绕的文章！影响因子：5.8 研究概述： 骨关节炎(Osteoarthritis, OA)是一种退行性炎症性关节疾病，是致残的主要原因，以长时间活动后的关节疼痛和僵硬为特征；Anoiki...
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GSVA&ssGSEA:单样本通路富集分析流程ORA富集分析只需要提供差异基因列表，GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果。Gene set variation analysis (...
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R ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分，也可得到肿瘤样本的肿瘤纯度 其原理本质上是先收集好免疫基因集和基质基...