2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去,本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T,c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好,裂...
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练习数据集的GEO编号:GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
10x平台的双细胞率(符合泊松分布1): 根据Poisson分布,单个液滴包含超过一个细胞(doublets或multiplets)的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
影响因子:5.8 研究概述: 骨关节炎(Osteoarthritis, OA)是一种退行性炎症性关节疾病,是致残的主要原因,以长时间活动后的关节疼痛和僵硬为特征;Anoiki...
ORA富集分析只需要提供差异基因列表,GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果。Gene set variation analysis (...
ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分,也可得到肿瘤样本的肿瘤纯度 其原理本质上是先收集好免疫基因集和基质基...
解决方法library(SummarizedExperiment)
------------------------------------TPM 定义---------------------------------------------...
配套的注释文件
作为生命科学的从事者,不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
目的:将一个配置好的conda的环境移动到另外一台服务器上 步骤: (1)激活环境: (2)环境导出 (3)安装复制环境
AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式,常用于scanpy。 1、认识结构 基本结构如下: 参考链接:https://cellgeni.readthedocs...
简介 scRepertoire包是由华盛顿大学的Nick Borcherding博士开发,是一款针对10X V(D)J数据的免疫组库分析工具。它可以直接读取10X cellr...
最近在学习cellphoneDB,顺便写一个学习记录吧。 简介 CellPhoneDB是一个可公开获取的受体、配体及其相互作用的存储库。配体和受体都包含亚基结构,准确表征异质...
我安装了一天之后快哭了,然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱,就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
将一个单元格中的多个元素拆分成多行,如图。
文章来源:scenic: single-cell regulatory network inference and clustering github 一、软件安装 安装教程...
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献,看看别人做了什么scenic分析《Single-cell RNA sequencing hi...
pyscenic做为scenic的python版本,相比R版本实现了分析速度上的巨大提升,尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下,数据集1 (4257 cell x ...
参考生信技能树:pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...