学习生信的小兔子

本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...

学习生信的小兔子

1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...

学习生信的小兔子

参考教程：http://www.sthda.com/english/wiki/survival-analysis-basics[http://www.sthda.com/en...

学习生信的小兔子

2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...

学习生信的小兔子

练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...

学习生信的小兔子

10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...

学习生信的小兔子

影响因子：5.8 研究概述： 骨关节炎(Osteoarthritis, OA)是一种退行性炎症性关节疾病，是致残的主要原因，以长时间活动后的关节疼痛和僵硬为特征；Anoiki...

学习生信的小兔子

ORA富集分析只需要提供差异基因列表，GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果。Gene set variation analysis (...

学习生信的小兔子

ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分，也可得到肿瘤样本的肿瘤纯度 其原理本质上是先收集好免疫基因集和基质基...

学习生信的小兔子

------------------------------------TPM 定义---------------------------------------------...

学习生信的小兔子

配套的注释文件

学习生信的小兔子

  作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...

学习生信的小兔子

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式，常用于scanpy。 1、认识结构 基本结构如下： 参考链接：https://cellgeni.readthedocs...

学习生信的小兔子

简介 scRepertoire包是由华盛顿大学的Nick Borcherding博士开发，是一款针对10X V(D)J数据的免疫组库分析工具。它可以直接读取10X cellr...

学习生信的小兔子

最近在学习cellphoneDB，顺便写一个学习记录吧。 简介 CellPhoneDB是一个可公开获取的受体、配体及其相互作用的存储库。配体和受体都包含亚基结构，准确表征异质...

学习生信的小兔子

  将一个单元格中的多个元素拆分成多行，如图。