一车小面包人

背景：使用10x的cellranger-arc实现10x单细胞ATAC和单细胞RNA的上游分析。 为什么做单细胞ATAC分析单细胞转录组是单细胞技术中较为常用的方法，它分析的...

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之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...

jjjscuedu

前面测试过monocle2/3，但是在画图的时候，尤其是用默认软件画图的时候总是觉得不够好看。比如下面这个paper中的数据（https://pubmed.ncbi.nlm....

Hayley笔记

轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...

jjjscuedu

轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...

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在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...

Hayley笔记

Scanpy数据结构：AnnData[https://www.jianshu.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析单细胞数据：预处理和聚类[https://...