前言 Immugent最近淘到了一款非常好用的画图R包：ktplots，于是就迫不及待地的想把它分享给大家。总体来说，这个包非常的轻便，而且可以对我们常用的图进行美化和针对性...
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ktplots（一）：绘制个性化气泡图 -
单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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基因表达趋势分析-2：Mfuzz基因表达趋势分析-1：TCseq[https://www.jianshu.com/p/b808085c7351] Mfuzz能够识别表达谱的潜在时间序列模式，并将相似模式的基...
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如何获得基因名与基因类型的对应关系——下载GTF文件GTF文件是用于保存基因结构信息的文件格式。它是基于通用特征格式（GFF）的制表符分隔文本格式，但包含一些特定的附加基因信息。1.打开GENECODE网站 ，下载GTF文件 ...
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edgeR差异基因分析的一般过程基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。 DE...
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Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...
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Kaplan-Meier生存分析的结果解读和绘制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
