组学分析之ChIP-Seq，蛋白质修饰。这里是佳奥，我们进入新一篇章的学习！ 首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程： sra-tools：下载测序数据 fa...
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【ChIP-seq 实战】一、数据分析流程 -
【ChIP-seq 实战】二、软件安装和公共数据下载这里是佳奥！ 到了数据下载这一步，之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载，不过有的数据寻找链接比较耗时，这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。 1 软件安...
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pheatmap行标签顺序大调整在科学论文中，我们经常要用到热图。我们在热图在单细胞数据分析中的应用比较系统地介绍了热图的一般规则。但是在实际操作中还是会遇到一些细节问题，如标签顺序。 我们知道一个好的热图...
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谢谢分享！
❤RSS指数及regulon细胞类型特异性
RSS特异性指数 继前一篇帖子[网络CSI评估基因关联性及regulon聚类模块化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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RSS指数及regulon细胞类型特异性RSS特异性指数 继前一篇帖子[网络CSI评估基因关联性及regulon聚类模块化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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pyscenic | 单细胞转录因子分析，原理图文详解pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...
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单细胞 | pySCENIC·转录因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据（S...
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R语言可视化11: (sc)RNAseq 数据可视化 - dittoSeqdittoSeq 是一款对单细胞和批量 RNA 测序数据进行分析和可视化的工具，提供了多种可视化效果，并且允许自定义。对于单细胞数据，dittoSeq 直接处理在其他软件包（...
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method='gsva'，方法还是用的gsva，没有用到ssgsea呀
TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）
测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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关于limma包contract martix上谁比谁的问题在进行数据分析时,limma作为一个功能十分强大的存在,而且3步（1.ImFit; 2.eBayes; 3.topTable）就能完成差异分析。但是在做差异分析的时候limm...
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seurat-AverageExpression()源码解析前段时间，一个单细胞分析同行提问，发现AverageExpression()和通过aggregate计算得到的基因表达均值，两者的结果是不一样的，疑惑问题出在哪里。 这个问题...
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热图去掉聚类树但是保留聚类
看到这个问题，你可能搜了好多答案，比如 热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序？ - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/e...
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单细胞转录组GSVA分析更新及可视化很久以前，我们在写单细胞分析的时候，就写过GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能够分析基因集/通路的活性程度，具体的原...
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蜂群图，让组间基因表达值的比较更优雅（R教程）
在文献中，我们经常能够看到这样的散点图。例如，通过RNA-seq或qPCR比较特定基因在不同分组样本中的整体表达水平。 与其称它们为散点图，其实它们是有独自名字的—蜂群图。当...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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2021-11-06 在monocle2的图中展示某单个基因的表达在某篇文献里面看到这样的图片，想在自己的图里也展示一些marker基因的表达去monocle的官网上查了一圈，都没有看到此功能 因此，决定自己画一下 首先，我们需要分析一下m...
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3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还是<10就代表了这个样本是正常...
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我觉得这个fastq转换命令有点问题，这些样本不是单端测序吗，为什么有--split-3参数
😭【ChIP-seq 实战】三、得到fastq格式测试数据
这里是佳奥！ 我们开始转化下载的sra数据。 top查看进程，正在运行。 fast-dump进程结束后查看文件，转化完成。 下一步就是质量控制，我们下一篇再见！
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2020-01-21 测序数据的质控和过滤二代测序数据下机后一般为rawdata，这时候含有一些低质量测序数据和街头污染数据，我们要将低质量数据过滤掉获得cleandata用于后续分析； 本过程涉及到的软件 Fast...
