What：什么是GO和KEGG？ GO全称是Gene Ontology，它分为：细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular fun...
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2021-07-01 GO、kegg富集分析 -
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picrust2 预测功能PICRUSt2 PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobs...
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ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制散点图taoyan1 简介2 绘制简单的散点图2.1 shape参数修改图形的形状2.2 size参数修改点的大小2.3 color参数修改点的颜色3 绘制分组的散点图3.1 首先...
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组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
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宏基因组--微生物多样性操作分类单元（Operational Taxonomic Units，OTU）是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为便于分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设...
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基因组组装----SOAPdenovo21.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...
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WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行call variation之前的处理。 ...
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ggplot2超详细讲解一.基本概念 "一张统计图形就是从数据到几何对象(geometric object, 缩写为geom, 包括点、线、条形等)的图形属性(aesthetic attribute...
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生物信息领域人员，微信公众号:BioLearner
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[转]R 绘图参数设置函数par()详解
par()函数是R里有关绘图的重要函数之一，以下是对par()函数说明内容的一些整理。 描述：par函数用于设定或询问绘图参数。参数设定可通过par(参数名 = 取值)或pa...
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【R语言编程】---绘制带聚类树的丰度图（代码示例）前言：接上一篇，很多文献中为了更直观的展示一个微环境中的菌群分布，常常将样本聚类与物种丰度同时展示。 1.数据结构首先需要准备丰度数据表Abundance.txt和分组信息g...
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Aspera下载安装使用Aspera Linux 安装 conda 安装 在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以...
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更新NT数据库的二三事最近被要求更新一下NT数据库，然后踩了好多坑，想记录下来，避免以后再犯。 首先去官网上直接下载nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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conda安装生物信息分析软件
首先为什么要写这篇文档，最近看到某公众号一篇教大家如何通过conda配置生信分析软件的付费文档都能大放异彩，受此启发想着也可以写一写，作为一个安装生信软件一直很顺利的人也有颇...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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Super useful!! #实用的单行命令合集
周末闲着无聊在推特上闲逛，刷着刷着发现了Ming Tang大神的一条推文。他将他日常经常使用的单行命令整理到其Github中，然后分享给各位推友。在点开它的网站后，我犹如发现...
