千万别加香菜

基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...

千万别加香菜

一、孟德尔随机化（Mendelian Randomization， MR）的原理 随机对照实验（RCT）一般被认为是明确因果关系的金标准。其要求研究对象随机分组，为减少偏倚，...

生信宝库

简介 单细胞测序技术是近十年最伟大的科学进展之一，其涵盖多方面的内容。scRNA-seq想必大家都较为熟悉，但是scATAC-seq出现在大家印象中的次数并不多，但是这种现象...

江湾青年

一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...

Hayley笔记

1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...

Hayley笔记

更多重要函数见：Seurat重要命令汇总[https://www.jianshu.com/p/104f9290af8b] Seurat绘图函数总结 在使用R语言进行单细胞数据...

Hayley笔记

Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...

生信云笔记

  scRNA矩阵存储的文件格式有10X单细胞测序数据、h5、h5ad、loom：10X单细胞测序数据经过cellranger处理后会得到矩阵的三个文件：matrix.mtx...