概述 本教程演示了如何使用mixscape 分析 single-cell pooled CRSIPR screens.。我们介绍新的seurat功能： 计算每个细胞的特异性扰...
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Seurat4.0系列教程17：Mixscape -
Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64)Fastq格式是一种基于文本的存储生物序列和对应碱基（或氨基酸）质量的文件格式。最初由桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）开发出来，现...
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「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释我们用于实战的数据集来自于2019年发表于NG的西瓜文章，它提供了GATK过滤后的SNP数据集用于分析，并且附录提供了完整的样本信息。该SNP数据集包括414个西瓜，2000...
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人类基因组hg19.fa和hg38.fa下载及基因注释下载
详细先查看：http://www.bio-info-trainee.com/1469.html https://www.jianshu.com/p/3e545b9a3c68 ...
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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CUT&Tag 数据分析（1）官网给的参数其实大多也是默认参数，建议使用管道符或者for循环，事半功倍，不然运行时间太长了。 1.检测数据完整性 公司拿到的数据无论是cleandata还是rawdata，...
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10X单细胞空间通讯分析之最新版cellphoneDB（v4）解读作者，Evil Genius 前不久刚给学员上了一节关于细胞通讯的课程，也发现了很多软件的更新之处，在这里给大家分享一下cellphoneDB v4.0最新更新的内容。 考虑...
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离线使用 CIBERSORTx 的方法CIBERSORTx 是一种强大的工具，用于从混合组织样本中推断细胞类型组成。目前，CIBERSORTx 主要通过其在线平台提供服务，但也提供了离线使用的选项，主要通过 Do...
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全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （3）-- pbmm2一. 长读段比对 (Long-Read Mapping)常用的比对软件 长读段比对算法与一代/二代测序数据的比对算法有很大的不同，因为长读段通常更长、包含更多错误和变异，并且...
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基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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sequins--人工合成DNA测序内参控制方法1 用处 Sequins（sequencing spike-ins）是一种人工合成DNA标准品，它可以混入到目标DNA样品中，在基因组测序和分析过程中充当内参。用检验NGS文...
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正确使用GIAB基准变异集合评估生信流程准确性前面我们介绍了GIAB中的标准数据集，包括了7个标准品的数据，分别是HG001（即NA12878），一个德系犹太人家系（HG002/HG003/HG004）和一个中国汉族人家...
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全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （1）我也认为长读长测序是 RNA 测序的未来！随着价格的降低和碱基质量的提升，传统的二代RNA-seq会被逐渐取代。 很多物种的转录本非常多样和复杂，绝大多数真核生物基因不符合“...
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decoupleR：丰富你的通路富集分析结果
**Article name: **decoupleR: ensemble of computational methods to infer biological acti...
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