COUNT: 高通量测序中比对到exon上的reads数。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
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RNAseq-踩坑03 -- 差异分析 要用 read_count -
RNAseq分析如何选择 参考基因组 和 gtf
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ[https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCr...
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转录组入门（5）： 序列比对欢迎来GitHub上fork，一起进步： https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisa...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[https://www.jianshu.com...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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Genrich：ATAC-seq,ChIP-seq 差异富集peak calling分析工具教程
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集（即peak calling）的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq（染色质...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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fasterq-dump 人多力量大fasterq-dump 人多力量大，核多干饭香 最近开始入门生信，第一次感觉到自己的头发可能要离自己远去了。 作为湿实验的大佬（自封），自然是没有什么服务器的，所以我开始了...
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ggplot2系列教程 第4节——分面本期内容： facet_wrap（一维面板） facet_grid（二维面板） 如何将一个数据的多个子数据集同时展示在一个页面？本期我们来学习ggplot2中的分面功能。老规...
