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version `GLIBCXX_3.4.20' not found 解决方法更新了hisat2的版本后，运行出现了2个错误，error1：/lib64/libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.20 not founde...
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version `GLIBCXX_3.4.20' not found 解决方法
更新了hisat2的版本后，运行出现了2个错误，error1：/lib64/libstdc++.so.6: version GLIBCXX_3.4.20 not founde...
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用copyKAT推断肿瘤细胞CNV及解决细胞过滤问题本文共分3部分。 首先介绍一下copyKAT原理和使用方法。然后提出一个关于细胞过滤的问题。最后提出一个解决问题的方法供参考。 1.copyKAT及使用简介 copyKAT是...
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单细胞CNV分析--CopyKATCNV(Copy number variation, 拷贝数变异)，也称CNP(copy—number polymorphism，拷贝数目多态)，是由于基因组发生重排而导致的...
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windows系统下aspera的下载、安装和数据下载
上一篇文章提到Linux系统下如何下载。但是鉴于服务器网络连接受到限制的问题，所以还是先windows下载，然后再上传吧。那么，windows下怎么搞呢?1.下载window...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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lefse安装与运行-lefse基于python3重构后的版本（实在是好消息）偶然发现2021年9月底10月初lefse基于python3版本重构了，意味着不用再为了兼容语法和包不断的找python2的资源了（喜大普奔！！！），接下来看一下重构后的le...
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FindAllMarkers, FindMarkers 以及 FindConservedMarkers 的区别
在seurat中，如果运行了RunUMAP或者RunTSNE后自动分群后，FindAllMarkers和FindMarkers基本就是一样的；如果没有进行RunUMAP或者R...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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给BAM文件建立索引：用于可视化
当进行完比对后，有时想要在IGV里面直观的查看比对的结果，这时候就需要在IGV里面加载BAM文件。同参考序列一样，BAM文件在IGV里面进行加载前需要创建索引。可以通过两种方...
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samtools sort & index
整理高通量测序中使用的软件。 比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进一步处理，例如在IGV查看比对结果时，常需要输入的bam文件...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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RNA-seq上游分析的最后一站：featureCounts
官网：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/。featureCounts与subread、subjunc软件一样同属subread包...
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转录组对基因表达量进行计数(Htseq、featureCounts）对基因进行定量，首先需要计算出比对到各个基因的read counts，得到没有校正的表达矩阵。在基因层面的count计数的工具：Htseq-count，feature-cou...
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RNA-seq分析流程大比较HISAT2+StringTie+Ballgown Tophat2+cufflinks+cuffdiff HISAT2+featureCounts+DESeq2 Tophat...
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inferCNV安装心路历程
infercnv 包的安装依赖于rjags，rjags包依赖于JAGS库文件，因此，首先需要安装JAGS。 windows 安装 1、下载应用程序 JAGS-4.3.0.ex...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
