太厉害啦，我按照官网的方法跑不了，这个方法能跑
根据PMID号批量下载文献该方法基于Python3.7实现，需要安装以下包： 新建文件夹作为工作空间，下载工程（无git的话去官网[https://github.com/billgreenwald/P...
IP属地：河北
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根据PMID号批量下载文献
该方法基于Python3.7实现，需要安装以下包： 新建文件夹作为工作空间，下载工程（无git的话去官网[https://github.com/billgreenwald/P...
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R语言sample函数
sample函数在机器学习中的作用比较大，因为它可以将数据按7：3或5：5等比例随机的分为训练集和测试集。 按其官方用法， X是要取的数据集，size是要取的个数，若size...
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python查看已安装的库的帮助文档
在使用python的过程中，会常常安装第三方的库，但是这些库的具体用法我们可能不太清楚，需要去查官方文档，这里提供一个本地查看的方法： 在命令行中输入 其中 -p 参数后面的...
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【单细胞】PCMDB：植物细胞标志物数据库生物学中最基本的问题之一就是哪种类型的细胞以功能协调的方式形成不同的组织和器官，单细胞测序技术的出现使得科研人员可以在单细胞分辨率下研究细胞表型和细胞行为。单细胞测序技术最有...
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2020-08-28 SingleR v1.2.4单细胞自动注释软件首先SingleR属于不基于Prior Knowledge的注释方法；相对应的还有基于Prior Knowledge的方法，比如CellAssign，但两个用起来都不是很顺手...
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将R环境下的Seurat RDS格式数据转化成为到python环境下scanpy的anndata格式
无论是单细胞、空间组还是ATAC的数据，有时由于下游分析的需求或可视化的需求，同时由于python的运算速度的优势，目前越来越多单细胞分析的工具开始在python环境下开发（...
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loomR介绍及使用指南随着单细胞技术的发展，数据量增加使得计算需求呈指数增长。分析单细胞数据时，使用稀100000个细胞的系数矩阵处理对于Seurat 来说就很有挑战性。HDF5 格式现在被用于储...
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Cellrank：细胞分化轨迹的新秀说在前面 说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。另一种高阶的算法是RNA速...
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单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
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celaref ||单细胞细胞类型定义工具Sarah Williams (2019). celaref: Single-cell RNAseq cell cluster labelling by reference....
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SingleR || 单细胞细胞类型定义工具注：本教程的SingleR是老版本的(1.0.0)，由于SingleR在Revised: December 18th, 2019已经升级到SingleR 1.0.5，新版本的...
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10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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单细胞数据的导入与质控 - Seurat
###################################### 题目：单细胞数据的导入与质控 - Seurat 语言：R Author: YQ#########...
