概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
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群体结构——PCA分析 -
从统计学的角度理解RNA-seq这次是分享李婧翌团队的一篇综述《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical pers...
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群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引...
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D 统计量检测遗传渗入ABBA-BABA test ABBA-BABA 统计（也称为 D 统计）为严格二叉进化历史的偏差提供了一种简单而强大的测试。 因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数...
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TPM、RPKM与FPKM相互转换
RNA 数据下载后，如果处理成read counts matrix的话，是一定要进行基于基因长度的标准化的（TMP，RPKM，TPKM等）。目前最常用的是TPM，网上已经有很...
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2020-01-23 RSEM转录组RNA-seq测序分析实操测序数据的质控和过滤 见上一篇论文 https://www.jianshu.com/p/0a8461b1ea7a[https://www.jianshu.com/p/0a84...
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如何使用KAAS进行KEGG注释使用KAAS做KEGG注释 标签： KEGG， RNAseq， bioinformatics 什么是KEGG 中文名: 京都基因与基因组百科全书外文名: koyto Ency...
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使用snpEff对VCF进行注释
使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组装的基因组） 情况1: 我们可...
