通过前期的分析，我们确定了感兴趣的module，但是module中又含有几十甚至上百的基因，下一步需要进一步筛选hub gene。 WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重...
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WGCNA（6）：筛选 hub gene -
ssGSEA算法原理及应用TCGA数据zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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GO 与KEGG分析，调整坐标及其字体大小
1 整理表格，使symbol转entrezid，利于后面的富集分析。 2 GO 分析 BP，MF and CC分别作图 3 GO 分析，直接做3图拼图，一步完成 注：dotp...
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使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍pheatmap参数： 网上有针对热图绘制的粗略讲解，但是都是参数不完整，可能不能满足所有人需求，于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组矩阵（要绘制热图的数据源，保证...
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R绘图：ggplot2绘制火山图火山图是测序分析报告中最为核心的图片之一。绘制火山图的方法有许多，Excel和第三方软件等，本文主要运用ggplot2和ggrepel两个R包演示[1][2]。横坐标为Fol...
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【r<-方案】TCGA barcode（样本ID）以及重名过滤我之前在简书上转载过别人写的TCGA barcode介绍，这两天碰到相关的问题，我看了看，觉得不是很清晰，再说道说道。 接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA ...
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从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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estimate 算法计算肿瘤纯度
0.肿瘤纯度[http://222.70.95.243:6893/files/ESTIMATE%E5%88%86%E6%95%B0/estimate.html#%E8%82%...
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R ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度ESTIMATE计算免疫基质得分以及肿瘤纯度 1.概述 Estimate根据转录组数据来计算免疫基质得分，也可得到肿瘤样本的肿瘤纯度 其原理本质上是先收集好免疫基因集和基质基...
