基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全 -
基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(2)
上次内容主要是介绍该review paper一些背景还有TE的分类，现在继续解读一下，下一部分的内容。 TE的探测与注释的方法 TE的探测和注释，可以在有或没有基因组asse...
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根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算
EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科的默认插入时间1.3e-8来计...
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生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
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TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到...
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TEtranscripts：转座子元件差异表达转座子 转座子(transposable element)：或称跳跃基因，是一种可以改变其在基因组中位置的DNA序列，有时会产生或逆转突变，改变细胞的遗传特性和基因组大小...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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Samtools统计测序深度用法1：利用-b 制作bed位置文件，在单个样本中计算这些位置的深度。 Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [....
