你好，请问这个您找到了嘛？
生信 | 基因组组装实战（三）：Kmer评估基因组写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Kmer定义 杂合Kmer...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也称基因迁移） 是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非...
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使用生物信息学工具去撕下重复序列的面具(2)
上次内容主要是介绍该review paper一些背景还有TE的分类，现在继续解读一下，下一部分的内容。 TE的探测与注释的方法 TE的探测和注释，可以在有或没有基因组asse...
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根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算
EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科的默认插入时间1.3e-8来计...
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生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
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TBtools | 全基因组 - 基因密度统计，充实你的图片摘要 两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣 写在前面 Emmm... 今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到...
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TEtranscripts：转座子元件差异表达转座子 转座子(transposable element)：或称跳跃基因，是一种可以改变其在基因组中位置的DNA序列，有时会产生或逆转突变，改变细胞的遗传特性和基因组大小...
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featurecounts的使用说明官网：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文献参考：featureCounts: an efficient general purpos...
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Samtools统计测序深度用法1：利用-b 制作bed位置文件，在单个样本中计算这些位置的深度。 Usage: samtools depth [options] in1.bam [in2.bam [....
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2020-05-26 outerrepeat search by blastn or RepeatMasker数据： 基因组文件： reference genome file(pombe.ASM294v2.29.dna.toplevel.fa), JB4.raven.fasta, J...
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从rmsk提取序列进行mapping等1.下载rmsk：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/rmsk.txt.gz 2.head看： 3...
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【生信】数据格式：bed12格式详解
BED(Browser Extensible Data)格式提供了展示生信数据的有效方法。以往对bed格式的介绍较为模糊，本文非常详细地解析bed每一列信息的含义，并重点介绍...
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gtf文件转化为bed12
bed文件的定义：【生信】数据格式：bed12格式详解 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/4880f1969919] ...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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【生信】格式转换：转成bed及bed12格式
基因组注释gtf文件或bed6文件转bed12文件 上一篇详细介绍了bed格式，尤其清楚的解释了bed格式中的最后三列，这三列对于理解bed12格式转换至关重要。 本文主要介...
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GFF或GTF格式转bed
# 1. gff2bed和gtf2bed[#1-%E8%BF%99%E6%98%AF%E4%B8%80%E7%BA%A7%E6%A0%87%E9%A2%98] # 2. 自己...
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基因流分析——D统计基本概念 基因渗入(introgression)： 是在遗传学中，指两个基因库间的基因流动，通常是经过种间杂交产生。基因渗入是一个长期的过程，它可能需要许多代杂交才能产生回交...
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最全Bedtools使用说明--只看本文就够了1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...
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