发简信
IP属地：北京
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基于nanopolish的分析结果得到划分窗口全基因组甲基化水平文件
我最近基于nanopore的数据进行全基因组5mC甲基化分析，具体是基于王顺老师编写的脚本进行分析（https://gitee.com/wang...
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TBtools修复基因注释文件的方法一现在，基因组测序和组装的价格已经降到了很多科研团队都能负担的水平，因此，很多物种的基因组序列都被测定并公开了。同时，描述这些基因结构的文件，比...
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`GLIBCXX_3.4.26' not found解决办法本人最近在进行基因注释时，本想用mamba安装一下braker，却没想到以前一向好用的mamba软件居然反常地报错了…… 本着做生信一定要学会使...
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基于Python程序给fa文件基因ID批量添加前缀的方法
鉴于在生物信息分析过程中，有些时候我们的输入/输出的fasta格式文件的基因ID经常会杂乱无章，不知道属于哪个物种或者哪个类别。因此，我写了一...
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使用UpSetR软件包绘制Upset图的方法本人最近在做比较基因组学分析的时候，发现用韦恩图来表示共有、特有的基因家族虽然直观，但一旦物种数目增多，就会变得不好看。于是，我师兄提议可以用U...
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注释文件无法提取最长转录本的解决方法我最近在做比较基因组学分析的过程中遇到了一个问题，就是从数据库中下载到的注释文件，明明是gff3格式，却无法按照常规方法提取最长转录本。注释文...
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根据突变速率进行EDTA结果的LTR插入时间换算
EDTA是一个非常好的转座子注释流程，并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而，这个软件如果不设置参数--u的话，会使用禾本科...
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解决ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pygtftk (from versions: none)
pip版本过低导致 python -m pip install --upgrade pip
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根据基因名称批量提取蛋白序列以作进化树构建的方法有时候，我们需要对某个特定基因家族进行进化树的构建，那么怎么来实现呢？以下是一种比较简单的基于Mega的方法 一 提取蛋白序列 http://h...