我最近基于nanopore的数据进行全基因组5mC甲基化分析,具体是基于王顺老师编写的脚本进行分析(https://gitee.com/wang...
一现在,基因组测序和组装的价格已经降到了很多科研团队都能负担的水平,因此,很多物种的基因组序列都被测定并公开了。同时,描述这些基因结构的文件,比...
本人最近在进行基因注释时,本想用mamba安装一下braker,却没想到以前一向好用的mamba软件居然反常地报错了…… 本着做生信一定要学会使...
鉴于在生物信息分析过程中,有些时候我们的输入/输出的fasta格式文件的基因ID经常会杂乱无章,不知道属于哪个物种或者哪个类别。因此,我写了一...
本人最近在做比较基因组学分析的时候,发现用韦恩图来表示共有、特有的基因家族虽然直观,但一旦物种数目增多,就会变得不好看。于是,我师兄提议可以用U...
我最近在做比较基因组学分析的过程中遇到了一个问题,就是从数据库中下载到的注释文件,明明是gff3格式,却无法按照常规方法提取最长转录本。注释文...
EDTA是一个非常好的转座子注释流程,并且它有一个功能是可以根据突变速率推算LTR插入时间。然而,这个软件如果不设置参数--u的话,会使用禾本科...
pip版本过低导致 python -m pip install --upgrade pip
有时候,我们需要对某个特定基因家族进行进化树的构建,那么怎么来实现呢?以下是一种比较简单的基于Mega的方法 一 提取蛋白序列 http://h...