基本概念 Nextflow是一个反应式工作流框架和编程DSL，可以简化数据密集型pipelines的编写。 它的设计理念是Linux平台是数据科学的通用语言。Linux提供了...
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NextFlow用法1--基本概念 -
bcl2fastq 产生的多个lane 的fastq.gz 合并
bcl2fastq 产生的文件结果如下（4个lane fastq.gz 文件）： 现在要将多个lane 的fastq.gz合并，方便下步骤的分析。 方法1： 方法1： 结果分...
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
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用R进行microarray分析（1）Introduction 目前主流的表达谱芯片有两类：（1）cDNA microarray：将100~5,000bp的cDNA固载到介质上 (例如玻璃)，Stanford开发...
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这个好棒，就是我笔记本没有Python，我感觉好像不用这么复杂
R语言GOplot画弦图展示GO富集分析的结果之如何准备自己的数据
我们首先运行帮助文档里的例子看例子里画图用到的数据是什么样子的 查看帮助文档 运行示例数据获得画弦图的数据 把这个示例数据写出到csv文件里 作图的数据是这样的，我们模仿这个...
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R语言GOplot画弦图展示GO富集分析的结果之如何准备自己的数据我们首先运行帮助文档里的例子看例子里画图用到的数据是什么样子的 查看帮助文档 运行示例数据获得画弦图的数据 把这个示例数据写出到csv文件里 作图的数据是这样的，我们模仿这个...
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R语言ggplot2作图一些好看的颜色搭配这些颜色来自于网页链接 https://www.royfrancis.com/elegant-scientific-graphs-learning-from-examples...
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「摸鱼快报004」让R自己告诉你：我运行完啦你是否经常查看大型的R脚本是否运行完而盯着屏幕看了一夜？你是否经常程序跑挂了也不知道傻傻的等了一夜第二天一查看才发现运行到五分钟的时候就报错停止了？反正我经常有！所以今天安利...
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conda create 过程中可能遇到的问题
在conda创建环境过程中，最常见的问题有几种1、镜像源的问题中科大的镜像好像有问题，需要把镜像源修改为清华源2、网络的问题An HTTP error occurred wh...
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听完直播、实际操作、再来看帖子，写得真的好完整，我就是那个问题1.。。。😭
conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）
有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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我好喜欢他，他的code很多都好用，哈哈哈
「摸鱼快报007」来自哈佛大学教授的一吨单细胞转录组学习资料
「摸鱼快报007」来自哈佛大学教授的一吨单细胞转录组学习资料 摸鱼快报是一档我拍脑袋想出来的致力于轻量化地将外网的优质生物信息学及相关领域资料带给大家的小栏目, 力求废话不多...
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@李毛毛_ac31 认真检查一下代码，这好久的事情了，我记得是指你的data没有一一对应。我用的就是小洁老师的方法二
p + geom_label_repel(aes(label = CRC),
size = 3,
data = totalgene,
segment.color = '#cccccc',
segment.size = 0.5,
force = T,
color = "#ABB065",
box.padding=unit(0.35, "lines"),
point.padding=unit(0.5, "lines"))在火山图上标记基因
要玩图，离不开哈德雷大神的《R数据科学》，第1章和21章是专门讲图的，我写过对应的笔记：https://www.jianshu.com/p/4a154f6f0de7https...
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刚好今天遇到这问题，谢谢解答
bam转fastq一直WARNING，并且两个fastq结果文件都是空的
下面这个报错信息较常见，但是如果每一条bam记录都是这样，就不常见了，我这两天遇到了这种情况。先看看正常情况下是如何报错的： WARNING: Query SRR328680...
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bam转fastq一直WARNING，并且两个fastq结果文件都是空的
下面这个报错信息较常见，但是如果每一条bam记录都是这样，就不常见了，我这两天遇到了这种情况。先看看正常情况下是如何报错的： WARNING: Query SRR328680...
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一个完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比较(包括得到FPKM、TPM、readscounts)
最重要的参考链接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github链接：https://github.com/griffit...
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一个完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比较(包括得到FPKM、TPM、readscounts)最重要的参考链接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github链接：https://github.com/griffit...
