张红祥，中国科学院植物研究所。<br>交流，分享。
发简信
IP属地：青海
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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您好，我想问一下，在进行GWAS分析时，我用的emmax，前面得到了6千万个SNP，但在emmax-intel64后仅有前2千万个应用到了后面的分析，是什么原因呢？
GWAS基本分析内容
之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况，包括一些基本概念，原理和注意事项（出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析），这次具体讲讲GWAS基本分析内容及结果解...
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我想问一下，emmax对于snp数量有没有要求？前面我是得到了6千万个SNP位点，但在emmax-intel64后仅有前2千万个进行了分析。这是什么原因的？
重测序分析（15）GWAS分析实操（1）gwas_emmax
介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析，软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqmanCMplot 数据准备 vcf文件：all_snp.vc...
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您好，请问使用之前是不是必须要tabix构建索引？基因组太大不能构建出.tbi的索引，只能构建.csi的，但是popgenome不知道为什么不可以识别。麻烦老师赐教
使用R语言利用vcf格式文件计算核苷酸多样性简单小例子
今天推文的主要内容参考 链接 https://wurmlab.github.io/genomicscourse/2016-SIB/practicals/population_...
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联川生物信息云平台，让科研更自由
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您好，我想请问一下，用SNP数据集建树的话，应该是哪一步过滤之后的呢？maf和geno之后的数据集？
群体结构——系统发育树的构建
最近杂事真的非常的满，终于找到时间更新一下。。。。 通过上一篇文章的介绍，系统发育树的基本概念[https://www.jianshu.com/p/4c5a4bf84e57]...
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二楼的小伙伴，PGDspider这个软件可以用来转换
群体结构——Structure堆叠图详细画法
基本概念 基迪奥有篇文章写得非常的简单明了，我这里就不再赘述，大家移步去搞清楚基本知识。 群体结构图形——structure堆叠图[https://www.genedenov...
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为什么很多时候GO富集分析不推荐使用GOslim写在前面 Emmm... 似乎发现自己的记忆力大不如前。类似的问题以前我在知识星球写过，不过现在确实没有太多去上面写。TBtools最早期的两大主要功能，1）序列提取；2）G...
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零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图写在前面 约莫一个月前，不知为何，突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题。按照我个人的设想，TBtools的使用应该不会存在使用问题。从开放使用至今，几乎没有停止...
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您好，请问GO注释导入的obo文件指的是什么呢？
点点点 | 真香！Simple GO GSEA 富集分析 ~
写在前面 时间拨回去 2015年，那时我接触生信已有一年，TBtools 开发尚在萌芽阶段。那会，我写了几款小的软件，包括 “blast3go”，为的是应对即将收费的“bla...
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请问箱线图最上面的点是异常值吗？
使用ggplot2画基因表达样本的箱线图
library(ggplot2) library(reshape2) ############################################ #画箱式图，这...
