@云巅之上 听起来没什么问题
基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
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IP属地：上海
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@踏水无痕 R语言
基因家族扩张收缩分析-提取基因对应的最长转录本
写在前面：根据“白烟囱假说”，一切的一切都从深海热液开始。从最初的单细胞生物到如今繁杂的世界，为了适应不断变化的外界环境，生物体需要不断且缓慢地改变自己。46亿年的演化，基因...
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Bismark（0.22.3）使用记录文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/FelixKrueger/Bismark[https://github...
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@8afb6e8d9a86 是的。除非分步运行，不过这样很复杂
multiple whole genome alignment
写在前面：在上亿年的进化历程中，基因组经历了大大小小的改变。从小的核苷酸突变、插入、缺失到大的基因缺失、重复、基因组重排和水平基因转移。基因组比对可以通过比对序列中的同源区域...
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提取最长转录本ID是用的R语言
基因家族扩张收缩分析-提取基因对应的最长转录本
写在前面：根据“白烟囱假说”，一切的一切都从深海热液开始。从最初的单细胞生物到如今繁杂的世界，为了适应不断变化的外界环境，生物体需要不断且缓慢地改变自己。46亿年的演化，基因...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）； 串联重复序列又包含卫星序列 >...
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基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
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基因家族扩张收缩分析-提取基因对应的最长转录本
写在前面：根据“白烟囱假说”，一切的一切都从深海热液开始。从最初的单细胞生物到如今繁杂的世界，为了适应不断变化的外界环境，生物体需要不断且缓慢地改变自己。46亿年的演化，基因...
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RCircos包的使用参考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
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我写了一个程序，你可以看看是否可以解决问题
https://www.jianshu.com/p/df132ac7af0c?v=1675822184624基因家族分析 | 预测基因家族收缩与扩张（orthofinder，cafe）
以下参照 hoptop的「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析这篇帖子试跑了一遍 1.软件安装 2.数据准备 下载「基因组学」使用OrthoFinder进...
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基因家族扩张收缩分析-cafe结果可视化-cafe4cafe自带的程序，只能单独标注扩增或者收缩的基因家族数。手工标注又很麻烦，所以我写了一个R程序，虽然图不够精致，不过基本解决问题。 cafe_node_filename: ...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的扩张收缩分析中，基于单个物种的的扩张收缩基因家族可使用该物种的基因集作为背景基因集；但如果分析某个祖先节点的扩张收缩分析情况，背景基因集的选择很重要：CAFE分析时...
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比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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在线GO功能注释分析
在线GO功能注释分析——私人经典总结三 原创生物酱生物酱2020-03-12 14:48 今天给大家介绍第三个GO在线分析网站：PANTHER 我感觉这是一个神奇的网站，昵称...
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【比较基因组】基因家族扩张与收缩---CAFE篇====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单： 下载安装包之后 https:...
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mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
