写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序,如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图,perl?不用的。R?不用的。网页?不用的...
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序,如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图,perl?不用的。R?不用的。网页?不用的...
前言 点阵图(dotplot)作为比较基因组最基础的分析,常用的分析软件有JCVI、mummer等,这里介绍一种新的点阵图方法,即WGDI画点阵图。软件安装见小编另一篇博客W...
写在前面 高通量测序技术的普及,带来的是遍地的基因组。昨日,OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过,数据也早就可以获取】。他们再发多少paper,事实上,...
如果一个物种在进化过程中发生了多倍体化,那么,在基因组上就会存在一些共线性区域(即两个区域之间的基因是旁系同源基因,其基因的排布顺序基本一致)。多倍化以及后续的基因丢失和二倍...
写在前面 来来去去,这个主题相关的,我已经写过很多个推文,甚至还包括与Raindy(福建农林高芳銮老师)合作开发和发表了 EasyCodeML。只能说,确实是一个相对常见但似...
一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
导师交给我一个基因,该怎么去查询这个基因的保守结构域,以便我后续对这个基因的进一步研究呢?话不多说直接上图: 1. NCBI中CDD数据库的查询和使用 打开NCBI首页,...
1.预测理化性质:分子量(Da)、等电点(PI)\不稳定系数(Instability index)、亲水指数(Grand average of hydropathicity-...
最近在做硕士毕业课题的收尾工作,正好做到了物种分歧时间的部分,虽然之前也做过,但是还是复习一遍。 1.安装Paml 2.配置带有时间校准点的系统发育树首先说明Mcmctree...
mcmctree需要3个输入文件 多序列比对的phy格式文件(注意:这个phy和一般软件的phy不太一样)使用脚本把多序列比对的fa格式转为phy格式 准备包含2个物种之间的...
用mcmctree做分歧时间估计的时候遇到报错: 问题是序列不符合phylip格式,每个名字没有区分开 1.使用以下命令行将orthofinder处理好的多序列比对结果,fa...
第一步安装软件 第二步转到工作目录 第三步,拼装序列 第四步,导出输出文件
@路人里的路人谢谢!好多软件试过了,一个基因中间断开就是连不上😓,恐怕目前的软件都不能,😭😭😭
在NCBI上上传叶绿体基因组Bankit(也可使用该项上传trnl-F序列) 在使用Bankit上传叶绿体基因组时还需要准备一些前提文件: 第一个:...
博主如何选择同一目下的五个物种,应该有很多物种吧,有没有什么筛选依据?我的物种太多了,够的树支持率低,不知道需要哪个物种才好。跪谢
2023-05-21运用多种软件使用单拷贝同源基因构建进化树参考:利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/52c2b99615f...
你好,要是叶绿体有个基因拼不全,用N代替,能提交吗?
在NCBI上上传叶绿体基因组Bankit(也可使用该项上传trnl-F序列) 在使用Bankit上传叶绿体基因组时还需要准备一些前提文件: 第一个:...