文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正! 官方说明:https://github.com/FelixKrueger/Bismark[https://github...
IP属地:上海
文章仅是记录自己的学习使用,有错误请指出,我立刻改正! 官方说明:https://github.com/FelixKrueger/Bismark[https://github...
TRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列(转座子); 串联重复序列又包含卫星序列 >...
1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后,首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
参考:1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
cafe自带的程序,只能单独标注扩增或者收缩的基因家族数。手工标注又很麻烦,所以我写了一个R程序,虽然图不够精致,不过基本解决问题。 cafe_node_filename: ...
基因家族的扩张收缩分析中,基于单个物种的的扩张收缩基因家族可使用该物种的基因集作为背景基因集;但如果分析某个祖先节点的扩张收缩分析情况,背景基因集的选择很重要:CAFE分析时...
比较基因组学分析目录 1:单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2:基因家族收缩与扩张分析[ht...
在线GO功能注释分析——私人经典总结三 原创生物酱生物酱2020-03-12 14:48 今天给大家介绍第三个GO在线分析网站:PANTHER 我感觉这是一个神奇的网站,昵称...