个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等
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必备转录组表达分析知识图谱
说明：因为平台限制和平台广告等原因，今后的文章将不在简书更新，请移步并订阅个人博客说明：因为平台限制和平台广告等原因，今后的文章将不在简书更新，请移步并订阅个人博客说明：因为...
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想让男人负责，你也得自己有实力才行
1 最近，有一件事，让我想写一写女性在感情中的选择。 一个读者给我留言，非常着急，加了我微信，原来是情感上的问题，她和一个男同事在一起了，男同事已经结婚，有两个孩子，在婚姻里...
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纯二代测序从头组装基因组基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组...
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基因组和转录组组装质量评估利器BUSCO（以大肠杆菌基因组质量评估为例）基因组和转录组组装质量评估利器——BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs） 一，BUSCO简介 该软件利用Ort...
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Sanger 测序，NGS 测序，数据分析
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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2018年，生活告诉我的26个小道理入冬以后，身体里像住进了一只偷时间的妖怪，不分白天黑夜地盗取时间。 不论是阳光照在玻璃上的晨间，暖气呼在脸上的午间，身体总是苏醒得比意识早那么一些。睁眼的一瞬间，大脑一片空白...
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