ceRNA 最近被玩的很多，构建的方法很多，这个是我这几天探索觉得比较好用也比较省力的，分享给大家。我已经把代码 数据 文件打包好了，在生信星球公众号后台回复ce657即可获...
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从mRNA到ceRNA network -
Seurat4.0系列教程7：数据可视化方法我们将使用我们之前从 2，700个 PBMC 教程中计算的 Seurat 对象在 Seurat 中演示可视化技术。您可以从这里[https://github.com/sati...
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Monocle3：拟时序分析写在前面：今天突然想写这个教程，花了一下午看资料，其实我前面是有一些基础的，但是看的还是会很乱，所以想把这个包的脉络写一下，希望能够可以跟大家讨论一下并且自己以后使用这个包的...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...
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三大经典在线生存分析工具测评导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...
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【软件使用】PyMol入门教程主要讲述PyMOL中常见的图形界面（鼠标）操作 1.认识PyMol 1. 软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点...
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R|TCGA|m6AlncRNAm6A相关的lncRNA怎么进行计算？下面我们就来探究下 1.表达矩阵下载[#%E8%A1%A8%E8%BE%BE%E7%9F%A9%E9%98%B5%E4%B8%8B%E8...
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细胞通讯分析【二】——CellChat分析结果可视化本期内容同步发布于单细胞天地微信公众号。 回顾——细胞通讯网络构建 前面的帖子中我们已经成功地进行了细胞间通讯网络的构建，总的来看借助下面简易的分析流程即可完成： 今天继续介...
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神兵利器——单细胞细胞类群基因marker鉴定新方法：COSG在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
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细胞通讯分析【一】——CellChat上游分析本期内容已同步分享至单细胞天地 细胞通讯是指细胞与细胞之间的联系。细胞和人类一样，多细胞生物的很多细胞会相互作用，形成“细胞社会”，在这个社会里，细胞与细胞之间会发生相互作用...
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热点综述 | 肿瘤微环境中的细胞间通信推断和分析：数据资源和计算策略
量化肿瘤微环境（TME）中各种细胞类型之间和内部的串扰，有助于开发用于肿瘤靶向治疗的工具。《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章，介绍了...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞RunPCA()结果解读+DimHeatmap的用法单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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单细胞分析中的NormalizeData()与ScaleData()区别在哪儿？今天又是入门单细胞分析的一天在单细胞分析当中，我们会用到两个函数：NormalizeData()和ScaleData()，这两个函数的区别到底在哪儿？它们到底对我们的单细胞数...
