iTOL基本用法已经会了,之前记录过一点:系统发育(进化)树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用,调图时又发现了...
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转自:http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列(...
1、转换文件格式 从 VCF 文件转换为 relate 软件可以读取的 hap 格式: PATH_TO_RELATE/bin/RelateFileFormats \ ...
CLUES(Conditional Likelihood Under Evolutionary Scenarios)是一个用于推断单个位点在群体中选择轨迹(selection...
ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price实验室开发的算法,相关文章发表在2...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,...
1. 什么是位点频谱(site frequency spectrum)? 位点频谱也叫等位基因频谱(allele frequency spectrum)是群体遗传学的术语,用...
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1. Survey分析的目的 ...
最近在看论文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis],是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件...
写在前面 性别被称为“进化生物学问题的皇后”,一直是生命科学领域中最具吸引力和最热门研究方向之一。而有性生物其性染色体的解析是性别研究的基础,这篇文章主要介绍一套鉴定性染色体...
Fig 1 这篇文章的一个核心分析是鉴定杂合选择清除区域heterozygous selective sweep regions (HSSR, Fig 1),拿到群体间的HS...
Comparison of Bayesian and maximum-likelihood inference of population genetic parameter...
如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
SNPhylo是一个基于SNP数据构建群体系统发生树的流程工具,它能接受VCF,HapMap和简单SNP数据格式作为输入,经过一系列的过滤(低质量数据、连锁不平衡)得到用于构...
目前最新版是beast2.7.6本文主要参考资料如下:https://beast2-dev.github.io/beast-docs/beast2/DivergenceDat...
用snpeff产出的vcf提取4DTv位点,用于构建进化树 转载自https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/1055...
以下内容参考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html、前研究组师妹的总结资料和MCMCTree tutorial...
在新一轮ROH分析之后,发现亲代对子代ROH片段的形成主要通过三种方式。 1.非亲ROH的增长 这其实相当于亲代基因组的随机排列组合,导致子代在亲代没有ROH的区域,出现新的...